免疫抑制劑是對人體的免疫反應有抑制作用的藥物。由於許多風溼性疾病是由於體內免疫力過高而產生的，因此免疫抑制劑可以控制許多風溼性疾病的發展，從而起到治療作用。目前常用的免疫抑制劑是烷基化藥物，如環磷酰胺和抗代謝藥物、甲氨蝶呤和硫唑嘌呤。
免疫抑制劑通常用於較嚴重或快速進展的風溼病，以及非甾體抗炎藥或激素治療無效的情況。然而，由於它們有較明顯的毒副作用，往往不作為常規的一線藥物使用。環磷酰胺的主要副作用是骨髓抑制，引起白細胞減少、紅細胞減少、貧血，還有嚴重的胃腸道反應，如噁心和嘔吐。
由於其代謝產物隨尿液排出並刺激尿道，可導致出血性膀胱炎，並伴有尿急、尿頻和血尿，嚴重時可導致癌症。它還可能導致生育能力下降。由環磷酰胺引起的暫時性脫髮沒有必要停止治療。甲氨蝶呤和硫唑嘌呤也有上述副作用，必須在醫生的指導下合理應用。
