熒光原位雜交(Fluorescence in situ hybridization FISH)是一門新興的分子細胞遺傳學技術，是20世紀80年代末期在原有的放射性原位雜交技術的基礎上發展起來的一種非放射性原位雜交技術。目前這項技術已經廣泛應用於動植物基因組結構研究、染色體精細結構變異分析、病毒感染分析、人類產前診斷、腫瘤遺傳學和基因組進化研究待許多領域。FISH的基本原理是用已知的標記單鏈核酸為探針，按照鹼基互補的原則，與待檢材料中未知的單鏈核酸進行異性結合，形成可被檢測的雜交雙鏈核酸。由於DNA分子在染色體上是沿著染色體縱軸呈線性排列，因而可以探針直接與染色體進行雜交從而將特定的基因在染色體上定位。與傳統的放射性標記原位雜交相比，熒光原位雜交具有快速、檢測信號強、雜交特異性高和可以多重染色等特點，因此在分子細胞遺傳學領域受到普遍關注。
雜交所用的探針大致可以分類三類：1)染色體特異重複序列探針，例如α衛星、衛星III類的探針，其雜交靶位常大於1Mb，不含散在重複序列，與靶位結合緊密，雜交信號強，易於檢測;2)全染色體或染色體區域特異性探針，其由一條染色體或染色體上某一區段上極端不同的核苷酸片段所組成，可由克隆到噬菌體和質粒中的染色體特異大片段獲得;3)特異性位置探針，由一個或幾個克隆序列組成。
探針的熒光素標記可以採用直接和間接標記的方法。間接標記是採用生物素標記DNA 探針，雜交之後用藕聯有熒光素親和素或者鏈黴親和素進行檢測，同時還可以利用親和素-生物素-熒光素複合物，將熒光信號進行放大，從而可以檢測500bp 的片段。而直接標記法是將熒光素直接與探針核苷酸或磷酸戊糖骨架共價結合，或在缺口平移法標記探針時將熒光素核苷三磷酸摻入。直接標記法在檢測時步驟簡單，但由於不能進行信號放大，因此靈敏度不如間接標記的方法。
