原位雜交的探針按標記分子類型分為放射性標記和非放射性標記。用同位素標記的放射性探針優勢在於對製備樣品的要求不高，可以通過延長曝光時間加強信號強度，故較靈敏。缺點是探針不穩定、自顯影時間長、放射線的散射使得空間分辨率不高、及同位素操作較繁瑣等。採用熒光標記系統則可克服這些不足，這就是 FISH技術。FISH技術作為非放射性檢測體系，有以下特點。
優點:1、熒光試劑和探針經濟、安全;2、探針穩定，一次標記後可在兩年內使用;3、實驗週期短、能迅速得到結果、特異性好、定位準確;4、FISH可定位長度在1kb的DNA序列，其靈敏度與放射性探針相當;5、多色FISH 通過在同一個核中顯示不同的顏色可同時檢測多種序列;6、既可以在玻片上顯示中期染色體數量或結構的變化，也可以在懸液中顯示間期染色體DNA的結構。
缺點：不能達到100%雜交，特別是在應用較短的cDNA探針時效率明顯下降。
