主治血滯閉經、外傷瘀血、癥瘕積聚等病症。
本藥常用於以下傳統方劑：①抵當湯、抵當丸(《傷寒論》)：水蛭、虻蟲、桃仁、 大黃，治療傷寒蓄血，少腹滿痛;②奪命散(《濟生方》)：紅蛭、大黃、黑牽牛，治療金瘡打損，心腹疼痛，大小便不通。
在《金匱要略》破瘀散結的名方大黃廑蟲丸中，在《婦人良方》治療閉經的名方地黃通經丸中，也都有水蛭。
水蛭破血瘀通經絡，《傷寒論》中的抵當湯、大黃蟲丸等均配有水蛭，醫家張錫純雲：“水蛭味鹹，故善入血分，為其原為嗜血之物，故善破血，其氣味與瘀血相感召，不與新鮮血相感召，故破瘀血不傷新血。”據此臨床常用水蛭治療冠心病、心絞痛、急性心肌梗死、高血脂症及腦內血腫等，常獲良效。
水蛭還有利水道破積聚之功，臨床常用其治療水腫病，如腎病綜合徵、肝硬化腹水等，常在溫補脾腎的基礎上加水蛭，起到化瘀利水作用。《本草綱目》記載水蛭：“逐惡血瘀血，破血瘕積聚，無子利水道，墮胎。”因此臨床常用水蛭治療婦人腹內瘀血證及月經不調，也用於終止妊娠，為婦科所常用。
【臨床應用】
治療腦梗死和腦出血。
治療冠心病、心絞痛、急性心肌梗死和肺源性心臟病。
治療彌散性血管內凝血(DIC)。
治療血管栓塞性疾病，如靜脈炎、閉塞性脈管炎、栓塞性動脈炎等。
治療高脂血症。
治療婦科疾病如痛經、閉經、盆腔炎性腫塊、產後瘀血不下而腹痛等。
血瘀經閉，癥瘕積聚。本品鹹苦入血，破血逐瘀力強，主要用於血滯經閉，癥瘕積聚等證。常與虻蟲相須為用，也常配三稜、莪術、桃仁、紅花等藥用，如抵當湯(《傷寒論》);若兼體虛者，可配人參、當歸等補益氣血藥，如化癥回生丹(《溫病條辨》)。
跌打損傷，心腹疼痛。取本品的破血逐瘀之功，亦常用於跌打損傷，可配蘇木、自然銅等藥用，如接骨火龍丹(《普濟方》)。治瘀血內阻，心腹疼痛，大便不通，則配伍大黃、牽牛子，如奪命散(《濟生方》)。
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