可以歸入益生菌的微生物都需要在到達腸道時仍然有活性。為此，這些細菌在通過胃腸道的時候都應該是活的。所以，考察細菌對胃酸和膽鹽的耐受性，是篩選益生菌的一個基本步驟，即使這一步的實驗是在體外進行的。
對胃酸的耐受性
胃液的PH值在一天當中都是不斷在變化：胃液PH值在早餐時是6，在午餐時是5，在晚餐時是低於5高於4。而嗜熱鏈球菌在PH=6.8的酸性溶液中的存活率是100%，在PH=4的酸性溶液中的存活率約是75%，在PH=3的酸性溶液中的存活率約是70%。
對膽鹽的耐受性
分泌膽鹽是身體對抗外來微生物的一種生理機制。實驗結果表明，膽鹽對嗜熱鏈球的生長有一定的抑制作用(抑制率為28%)。然而，該種益生菌能夠在較高濃度的膽汁中生存，所以應該可以在體內免受膽汁的損害而到達小腸的遠端。
對腸道致病菌的抑制
嗜熱鏈球菌對腸道致病菌的抑制程度是以其在體外與這些致病菌共同培養時，使這些致病菌在培養基上形成的菌落直徑減少的百分比來衡量的。如果致病菌菌落直徑因為益生菌的抑制而減少90%，則可以說該益生菌完全抑制該致病菌的生長。
嗜熱鏈球菌能使艱難梭菌、鼠傷寒沙門氏菌、大腸桿菌的菌落直徑減少約30%;能使金黃葡萄球菌、單核細胞增生李斯特菌、產氣莢膜梭菌的菌落直徑減少約20%;但該益生菌對人白色念珠菌沒有抑制效應。
免疫調節
嗜熱鏈球菌似乎能夠調節作為炎症指標的幾種免疫因子。
在體外，用人類腸表皮細胞做的實驗顯示了嗜熱鏈球菌能明顯下調白細胞介素IL-6的產量。但是嗜熱鏈球菌對於白細胞介素IL-8、IL-10、T細胞生長因子TGF-β、腫瘤壞死因子TNF-α的產量卻沒有甚麼調節作用。
另外一個體外實驗顯示，嗜熱鏈球菌能明顯上調鼠脾細胞中的白細胞介素IL-12、干擾素INF-γ、腫瘤壞死因子TNF-α的產量。該益生菌同樣能上調白細胞介素IL-4的產量。
