消化系統的疾病的臨床表現往往不典型，僅症狀診斷十二指腸潰瘍是不可靠的。當患者自己覺得有慢性週期性發作的上腹不適及其他消化不良症狀應予以高度懷疑，同時應及時到醫院進行檢查。其診斷有如下幾種常用的檢查方法：
1. 胃鏡檢查：胃鏡檢查是診斷十二指腸潰瘍的主要方法，雖然其名為胃鏡，但是也可對十二指腸黏膜直接觀察、攝像，還可在直視下取活組織作病理學檢查及幽門螺桿菌檢測，因此對潰瘍的診斷具有十分重要的意義。根據1964年日本畸田隆夫的分期法，將內鏡下潰瘍可分為活動期(A)、癒合期(H)和瘢痕期(S)三個病期，其中每個病期又可分為兩個階段。部分患者可能會對胃鏡檢查的過程不能忍受或心存恐懼，這時可考慮麻醉後再行胃鏡檢查(即無痛胃鏡)，以減輕胃鏡檢查的不適感。
2. X線鋇餐檢查：X線鋇餐檢查在潰瘍的診斷及胃良、惡性潰瘍鑑別診斷上的準確性不如胃鏡，常用於年紀較大，有心腦血管疾病或因其他原因而無法耐受胃鏡檢查的患者，如發現龕影，則亦有確診價值。
3. 尿素酶試驗或核素標記C13呼氣等試驗:目的在於檢測是否存在幽門螺旋桿菌感染，主要用於評價幽門螺旋桿菌根除治療後的療效。
