一、橋本甲狀腺炎被誤診為甲狀腺腺瘤，如僅憑觸診甲狀腺偏硬，或單憑B超發現結節而診斷為甲狀腺腺瘤，未做進一步檢查便施以手術治療。這使原本存在潛在性甲減的甲狀腺組織雪上加霜，患者只得終生依靠甲狀腺素替代治療。
二、橋本甲狀腺炎被誤診為甲亢，部分橋本氏病患者發病初期因自身免疫使甲狀腺激素釋放增多而出現甲亢表現，若僅憑甲狀腺腫大和臨床甲亢表現而長期、大劑量地使用抗甲狀腺藥物，會迅速出現嚴重的甲減。
三、橋本甲狀腺炎被誤診為“咽感異常”，部分患者無明顯的甲狀腺腫大，亦無其它的甲狀腺功能方面症狀，僅訴咽部不適。
四、橋本甲狀腺炎被誤診為心臟病，少數橋本氏病患者甲狀腺炎症狀不典型，而由於甲減出現心包積液而致心慌、心悸、氣短，心電圖T波變化而易被誤診為心臟病。
五、橋本甲狀腺炎被誤診為單純性甲狀腺腫大，近年來，兒童橋本氏病發病迅速上升，這使“在兒童中極為罕見”的定論成為歷史。相當多的兒童橋本氏病被長期診斷為單純性甲狀腺腫，個別被誤診為甲亢。
六、橋本甲狀腺炎被誤診為更年期綜合徵，50歲左右的婦女患病後，往往訴乏力、倦怠、煩燥、陣陣汗出、失眠、輕度浮腫等，故易被誤診。
