急性血源性骨髓炎由於骨骼感染引起骨質破壞，形成死骨，常轉為慢性化膿性骨髓炎，甚至發生各種併發症，影響功能。常見的併發症為：
1、化膿性關節炎。
2、病理骨折。
3、肢體生長障礙，如骨骺破壞，肢體生長長度受影響，患肢變短;或因骨骺附近炎症，血液供給豐富，使骨骺生長較快，患肢反而稍長。有時亦因骨骺部分受累，形成畸形生長，如膝內翻或外翻等。
4、關節攣縮及強直。
5、外傷性骨髓炎：常因感染而有骨折延遲連接和不連接，以及關節活動受限等。
6、若在急性期未能進行及時有效的治療，或細菌毒力強，可併發敗血症或膿毒血癥，嚴重者可危及患者生命。
7、骨髓炎復發的危險性與感染的部位及發病後是否得到及時有效的治療等因素有關：位於蹠骨的骨髓炎複發率可高達50%，涉及股骨近端，脛骨近端和遠端的幹骺端的骨髓炎複發率為20%～30%。而腓骨遠端、上肢骨與脊柱的炎症感染則預後較好，易於痊癒。兒童急性骨髓炎經治療一年後的複發率為4%。
