目前對兒童睡眠障礙的發病機理尚未清楚，其中：
一、身體因素：
1、兒童患扁桃體炎的次數：小兒多次患扁桃體炎，會造成扁桃體的慢性增生和肥大，部分堵塞呼吸道，睡眠時口咽部肌肉鬆弛，又進一步加重了呼吸道阻塞，二者共同作用使呼吸時氣流不暢;
2、夜間喘息發作的次數，小兒夜間多次喘息發作，常提示有喘息性疾病的存在;
3、研究結果提示一種與大腦皮層發育延遲有關的發育性疾病,由於大腦發育延遲而擾亂了正常的睡眠節律,因而出現夜枰夢多睡驚等症狀.雖然對大腦發育延遲無根本解決方法,但對引起它發病的危險因素如心理因撫育不當等,則值得注意.
二、外界因素 影響兒童睡眠障礙的獨立危險因素包括：
1、父母有睡眠障礙史(如打鼾、夢囈、夜間磨牙)。
2、根據調查,處在不良的家庭環境中,如父母經常爭吵、鬧矛盾或離異家庭中，兒童睡眠障礙發生率偏高;家庭教養方式不當，如父母教育子女簡單粗暴，嚴厲約束;父母之間教育方式不一致其中一方過分袒護等都會使孩子精神焦慮、內心矛盾、無所適從，最終心理失衡，成為兒童睡眠障礙的主要危險因素。
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