1、人為說
人為說的觀點不夠統一。有人認為HIV是基因工程帶來的災難，還有人認為HIV是生物武器或某些人企圖進行種族滅絕、建立“世界新秩序”的產物。
日本神奈川縣立醫院內科主任永井明就認為艾滋病病毒是人為的產物。1969年間，美國東部馬薩諸塞州新英格蘭地區的猴園出現SIV，接著西部的加州大學洛杉磯分校的靈長類研究所也集體發生了猴子感染SIV的怪狀。因此他認為，這顯然是進行某種病毒的動物實驗造成的結果。他還指出，從時代背景來看，遺傳工程正迅速發展，與生物武器的對象從細菌變為病毒的時間剛好一致。作為實驗對象，非洲綠猴很可能被使用，因此綠猴的艾滋病很可能是美軍生物戰研究中心實驗過程中出現了基因重組繼而產生的新品種病毒。
2、自然說
長期以來，科學家們一直懷疑非洲黑猩猩與HIV有某種聯繫。最先主張非洲起源說是美國國家腫瘤研究所的羅伯特·蓋洛博士，他於1982年提出“ 艾滋病病原體是逆轉錄病毒”的假說。艾滋病是由逆轉錄病毒引起的，這種病毒大量分佈在中非和加勒比海各國，基於這個假說做出了向歐美傳播途徑的推測。
隨後，美國阿拉巴馬大學的一個研究小組1999年聲稱找到了證據。他們對一隻偶然得到的黑猩猩瑪裡琳的器官組織進行了研究分析，結果他們在這隻黑猩猩的組織中發現了SIV。SIV與HIV同屬靈長類免疫缺陷病毒，科學家們認為SIV是HIV的祖先。
此後，法國巴斯德研究所的科研人員也宣佈，發現了被SIV感染的黑猩猩。
3、醫源說
1999年，美國新聞記者愛德華·胡珀出版了一本名為《河流》的書，向人們披露了一個艾滋病是40多年前通過接種小兒麻痺疫苗開始在人類中間傳播的隱情。書中指出，20世紀50年代末期，位於美國費城的威斯塔研究所曾經使用黑猩猩的腎臟生產了幾批小兒麻痺疫苗。在1957年到1961年之間，這些疫苗被用於預防接種。據估計，大約有100多萬非洲人接受了接種。因此胡珀斷言，艾滋病就是從此開始在人類中傳播的。但胡珀的猜測遭到了很多科學家的駁斥。兩位曾在威斯塔研究所從事過非洲疫苗試驗的科學家否認他們在生產疫苗的過程中使用過黑猩猩的器官組織。威斯塔研究所更是於2000年找到了當年生產的疫苗樣本，並邀請英國、法國、德國的同行對樣本進行了分析，結果沒有發現任何黑猩猩或是HIV的蹤跡。
