過去關於慢性軟組織損傷有各種各樣的學說，但是慢性軟組織損傷仍然是久治不愈的一大類疾病，試圖找出這類疾病的根本病因，一直是目前國內外醫學界的追求目標。針刀醫學系統地提出了慢性軟組織損傷的概念、範圍，通過對軟組織損傷的各種形式和病理變化過程的研究，認為慢性軟組織損傷的根本病因是人體的動態平衡失調，而造成動態平衡失調有四種基本的病理因素，即粘連、攣縮、疤痕和堵塞。針對臨床上廣泛存在而又缺乏有效治療手段的慢性軟組織損傷類疾病，針刀醫學經過長期臨床實踐和觀察，對慢性軟組織損傷的病因病理有了新認識：
第一，重新界定軟組織的範圍。以往國內外醫學理論把軟組織限定在運動系統，而針刀醫學則認為軟組織包括人體除了唯一的硬組織（骨組織）之外所有的組織，因為它們具有相似的力學特性，其損傷的病理變化過程也有相同規律，這是對軟組織損傷理論的重大突破。對臨床具有重要的指導意義，改變了過去對內臟組織器官的慢性疾病的治療思路和方法，為這類頑固的慢性內臟組織器官疾病的治療找到了有效的方法。
第二，明確慢性軟組織損傷的概念。內涵：軟組織受到各種損傷以後；在治療和自我修復的過程中；在特定條件下產生的新的致病因素，導致新的慢性軟組織損傷類疾病的發生。外延：慢性軟組織損傷是一種遷延難愈的慢性疾病，涉及內外婦兒各科疑難雜症。
第三、提出軟組織損傷的各種形式。認為軟組織損傷的形式包括暴力性損傷、積累性損傷、情緒性損傷、疲勞性損傷、侵害性損傷、自重性損傷、手術性損傷、病損性損傷、環境性損傷、功能性損傷十大類。這極大地拓寬了我們認識慢性軟組織損傷的視野，提高了對許多慢性病本質的認識。
第四、首次提出軟組織損傷的病理變化過程：損傷→（生物物理學）→變化（骨折移位、骨錯縫、筋出槽）→力學狀態改變→軟組織器官受到破壞→引起擠壓、牽拉、鬆弛→致使大量細胞破裂壞死、組織滲出→成為體內異物→刺激周圍組織→引起疼痛→產生生物化學變化（緩激肽類、5-羥色胺類等化學物質含量的變化）→人體通過神經反射系統、體液調節系統作用→產生生理病理過程的變化（被破壞的機體組織要修復、被擾亂的生理功能要恢復）→由於病區有關組織的保護機制處於警覺狀態而制動→結果產生瘢痕、粘連、攣縮、堵塞→形成新的病理因素。
第五、認為慢性軟組織損傷疾病的根本病因是人體的動態平衡失調。人體的組織、器官，在特定的時間和空間的範圍內，能夠自由的活動叫做動態平衡，反之叫做動態平衡失調。造成動態平衡失調的病理因素有四類，即粘連、攣縮、瘢痕和堵塞。
第六、我們的內臟受到各種形式的損傷之後，在人體自我復修過程中，最後的結果同樣是粘連、攣縮、瘢痕、堵塞，形成了新的病理因素，同樣導致內臟實體的動態平衡失調和流體的動態平衡失調。因此，內臟的慢性損傷性疾病和運動系統的慢性軟組織損傷性疾病的本質是一樣的。
通過對軟組織張力性疼痛的試驗研究、針刀醫學在疼痛科的研究和應用、針刀療法對Ｌ3橫突綜合徵兔血漿血栓素Ｂ2及6-酮-前列腺素水平的影響等課題的研究，證實上述新認識是成立的。在此認識的指導下治療慢性軟組織損傷疾病，取得了非常好的臨床療效，把對慢性軟組織損傷的認識提高到了一個新的水平。
