海瓜子本性寒涼，最好在食用時避免與一些寒涼的食物共同食用，比如空心菜、黃瓜等蔬菜，飯後也不應該馬上飲用一些像汽水、冰水、雪糕這樣的冰鎮飲品，還要注意少吃或者不吃西瓜、梨等性寒水果，以免導致身體不適。
不能與啤酒、紅葡萄酒同食
食用海瓜子飲用大量啤酒，會產生過多的尿酸，從而引發痛風。尿酸過多，會沉積在關節或軟組織中，從而引起關節和軟組織發炎。
皮膚病患者禁食
皮膚病患者之所以不能吃海瓜子是因為海瓜子中所含的蛋白質在進入人體後，可作為一種過敏原，對機體產生過敏反應，如發癢起塊等，或使原來的皮膚病復發、加重。所以皮膚科醫生視海鮮為病因之一，要求某些病人禁忌。
吃海瓜子後引起的過敏性皮膚病，多屬於I型變態反應，可引起平滑肌痙攣，血管擴張、通透性增高，血漿外滲、水腫，以及嗜酸性細胞增多等。臨床表現為皮膚瘙癢、蕁麻疹、血管性水腫等全身症狀;或使嬰兒溼疹、慢性溼疹等復發或加劇。
食用海瓜子需要煮熟
海瓜子煮不熟含有細菌，海瓜子中的病菌主要是副溶血性弧菌等，耐熱性比較強，80℃以上才能殺滅。除了水中帶來的細菌之外，海鮮中還可能存在寄生蟲卵以及加工帶來的病菌和病毒汙染。一般來說，在沸水中煮4-5分鐘才算徹底殺菌。
