尤其不少減肥藥是通過腹瀉來減輕體重，對肝臟的傷害特別大。長期服用這些減肥藥，將可能導致服用者出現黃疸、肝區不適、腹脹、轉氨酶增高等肝損害的症狀，相關病例在臨床上並不少見。如果患者不及時治療，仍然繼續服用這些減肥藥品，症狀將會持續加重，最後可能引起急性肝功能衰竭甚至死亡。
同時不容忽視的是，減肥藥中某些藥物成分超標，會對服用者的肝臟造成直接傷害。比如某些減肥藥中所含的維他命b3(煙酰胺)過量就會導致肝細胞中毒等副作用。新加坡就有一名婦女因為過量服用含維他命b3的減肥藥造成肝臟受損，最終死亡。
藥物減肥只是一種輔助的治療手段，大多數的減肥藥物都有一些副作用，不宜長期服用。而減肥治療也不是一件一勞永逸的事情。如果肥胖患者在短期內經過藥物治療，取得了一定的效果後，停用了藥物，就放棄了以往的努力，又恢復過去的生活及飲食習慣，結果就會前功盡棄，體重又會反彈。
