黑木耳含有豐富的植物膠原成分，它具有較強的吸附作用，對無意食下的難以消化的頭髮、穀殼、木渣、沙子、金屬屑等異物也具有溶解與氧化作用。常吃黑木耳能起到清理消化道、清胃滌腸的作用。特別是對從事礦石開採、冶金、水泥製造、理髮、麵粉加工、棉紡毛紡等空氣汙染嚴重工種的工人，經常食用黑木耳能起到良好的保健作用。
黑木耳被營養學家譽為‘素中之葷'和‘素中之王'，每100克黑木耳中含鐵185毫克，它比綠葉蔬菜中含鐵量最高的菠菜高出 20倍，比動物性食品中含鐵量最高的豬肝還高出約7倍，是各種葷素食品中含鐵量最多的。中醫認為，黑木耳味甘性平，有涼血、止血作用，主治咯血、吐血、衄血、血痢、崩漏、痔瘡出血、便秘帶血等，是因其含鐵量高，可以及時為人體補充足夠的鐵質，所以它是一種天然補血食品。
黑木耳中含有豐富的纖維素和一種特殊的植物膠原，這兩種物質能夠促進胃腸蠕動，促進腸道脂肪食物的排洩、減少食物中脂肪的吸收，從而防止肥胖;同時，由於這兩種物質能促進胃腸蠕動，防止便秘，有利於體內大便中有毒物質的及時清除和排出，從而起到預防直腸癌及其它消化系統癌症的作用。所以，老年人特別是有便秘習慣的老年人，堅持食用黑木耳，常食木耳粥，對預防多種老年疾病、抗癌、防癌，延緩衰老都有良好的效果。
黑木耳對膽結石、腎結石、膀胱結石等內源性異物有比較顯著的化解功能。黑木耳所含的發酵和植物鹼，具有促進消化道與泌尿道各種腺體分泌的特性，並協同這些分泌物催化結石，滑潤管道，使結石排出。同時，黑木耳還含有多種礦物質，能對各種結石產生強烈的化學反應，剝脫、分化、侵蝕結石，使結石縮小，排出。
對於初發結石，保持每天吃1-2次黑木耳，疼痛、惡嘔等症狀可在2-4天內緩解，結石能在10天左右消失，對於較大較堅固的結石，其效果較差，但如長期食用黑木耳，亦可使有些人的結石逐漸變小變碎，排出體外。
