1.一般治療
便秘患者需根據便秘輕重、病因和類型，採用綜合治療，包括一般生活治療、藥物治療、生物反饋訓練和手術治療，以恢復正常排便生理。重視生活治療，加強對患者的教育，採取合理的飲食習慣，如增加膳食纖維含量，增加飲水量以加強對結腸的刺激，並養成良好的排便習慣，如晨起排便、有便意及時排便，避免用力排便，同時應增加活動。治療時應注意清除遠端直腸內過多的積糞;需積極調整心態，這些對獲得有效治療均極為重要。
2.藥物治療
(1)容積性瀉劑 主要包括可溶性纖維素(果膠、車前草、燕麥麩等)和不可溶性纖維(植物纖維、木質素等)。容積性瀉劑起效慢而副作用小、安全，故對妊娠便秘或輕症便秘有較好療效，但不適於作為暫時性便秘的迅速通便治療。
(2)潤滑性瀉劑 能潤滑腸壁，軟化大便，使糞便易於排出，使用方便，如開塞露、礦物油或液狀石蠟。
(3)鹽類瀉劑 如硫酸鎂、鎂乳，這類藥可引起嚴重不良反應，臨床應慎用。
(4)滲透性瀉劑 常用的藥物有乳果糖、山梨醇、聚乙二醇4000等。適用於糞塊嵌塞或作為慢性便秘者的臨時治療措施，是對容積性輕瀉劑療效差的便秘患者的較好選擇。
(5)刺激性瀉劑 包括含蒽醌類的植物性瀉藥(大黃、弗朗鼠李皮、番瀉葉、蘆薈)、酚酞、蓖麻油、雙酯酚汀等。刺激性瀉劑應在容積性瀉劑和鹽類瀉劑無效時才使用，有的較為強烈，不適於長期使用。蒽醌類瀉劑長期應用可造成結腸黑便病或瀉藥結腸，引起平滑肌的萎縮和損傷腸肌間神經叢，反而加重便秘，停藥後可逆。
(6)促動力劑 莫沙必利、伊託必利有促胃腸動力作用，普盧卡比利可選擇性作用於結腸，可根據情況選用。
3.器械輔助
如果糞便硬結，停滯在直腸內近肛門口處或患者年老體弱、排便動力較差或缺乏者，可用結腸水療或清潔灌腸的方法。
4.生物反饋療法
可用於直腸肛門、盆底肌功能紊亂的便秘患者，其長期療效較好。生物反饋治療可訓練患者在排便時鬆弛盆底肌肉，使排便時腹肌、盆底肌群活動協調;而對便意閾值異常的患者，應重視對排便反射的重建和調整對便意感知的訓練。訓練計劃並無特定規範，訓練強度較大，但安全有效。對於盆底功能障礙患者，應優先選擇生物反饋治療，而不是手術。
5.認知療法
重度便秘患者常有焦慮甚至抑鬱等心理因素或障礙的表現，應予以認知療法，使患者消除緊張情緒，必要時給予抗抑鬱、抗焦慮治療，並請心理專科醫師協助診治。
6.手術治療
對嚴重頑固性便秘上述所有治療均無效，若為結腸傳輸功能障礙型便秘、病情嚴重者可考慮手術治療，但手術的遠期效果尚仍存在爭議，病例選擇一定要慎重。在便秘這個龐大的病症群中，真正需要手術治療的還是屬於極少數。
