潛伏期10～15天。大多數患者症狀較輕或呈無症狀的隱性感染，僅少數出現中樞神經系統症狀，表現為高熱、意識障礙、驚厥等。典型病例的病程可分4個階段。
1.初期
起病急，體溫急劇上升至39～40℃，伴頭痛、噁心和嘔吐，部分病人有嗜睡或精神倦怠，並有頸項輕度強直，病程1～3天。
2.極期
體溫持續上升，可達40℃以上。初期症狀逐漸加重，意識明顯障礙，由嗜睡、昏睡乃至昏迷。昏迷越深，持續時間越長，病情越嚴重。神志不清最早可發生在病程第1～2日，但多見於3～8日。重症患者可出現全身抽搐、強直性痙攣或強直性癱瘓，少數也可軟癱。嚴重患者可因腦實質類(尤其是腦幹病變)、缺氧、腦水腫、腦疝、顱內高壓、低血鈉性腦病等病變而出現中樞性呼吸衰竭，表現為呼吸節律不規則、雙吸氣、嘆息樣呼吸、呼吸暫停、潮式呼吸和下頜呼吸等，最後呼吸停止。體檢可發現腦膜刺激徵，瞳孔對光反應遲鈍、消失或瞳孔散大，腹壁及提睪反射消失，深反射亢進，病理性錐體束徵，如巴氏徵等可呈陽性。
3.恢復期
極期過後體溫逐漸下降，精神、神經系統症狀逐日好轉。重症病人仍神志遲鈍、痴呆、失語、吞嚥困難、顏面癱瘓、四肢強直性痙攣或扭轉痙攣等，少數病人也可有軟癱。經過積極治療大多數症狀可在半年內恢復。
4.後遺症期
少數重症病人半年後仍有精神神經症狀，為後遺症，主要有意識障礙、痴呆、失語及肢體癱瘓、癲癇等，如予積極治療可有不同程度的恢復。癲癇後遺症可持續終生。
