預防乙腦的關鍵是抓好滅蚊、人群免疫及動物宿主的管理。
1.滅蚊 是預防乙腦和控制本病流行的一項根本措施。要消滅蚊蟲的滋生地，冬春季以滅越冬蚊為主，春季以清除滋生地與消滅早代幼蟲為主，夏秋季以滅成蚊為主，同時注意消滅幼蟲，滅蚊應貫徹“滅早、滅小、滅了”的原則，噴藥滅蚊能起到有效作用，可滅成蚊、孑孓及蟲卵。此外，應使用蚊帳、搽用防蚊劑及蚊香、滅蚊器等防蚊措施。
2.人群免疫 預防接種是保護易感人群的有效措施。目前大規模生產和使用的疫苗有三種：鼠腦滅活疫苗、細胞培養滅活疫苗和細胞培養減毒活疫苗。
鼠腦滅活疫苗採用的是中山株或北京-1株，由於北京-1株可誘生較廣的中和抗體應答，而且接種北京株後鼠腦中抗原產量較高，目前北京株已取代了中山株，鼠腦滅活疫苗接種方法，國際上推薦兒童期初免為注射2針，間隔1～2周，初免的防病效率為95%以上，亞洲許多國家採用的方法是初免2針，間隔約4周，1 年後加強，嗣後每隔3年加強1次的程序。但是連續加強後免疫力的持續時間尚未確定。由於此種疫苗價格較高，且有疫苗相關不良反應發生，很難大規模使用。
目前我國使用的細胞培養滅活疫苗是地鼠腎細胞組織培養的乙腦滅活疫苗，中國用北京P-3株製備的效果較好，保護率為60%～90%。初次免疫採用皮下注射2次，間隔7～10天，第2年加強1次，連續3次加強後不必再注射，可獲得持久免疫力。免疫所用劑量因年齡不同而異，1～6歲0.5ml/次，7～12 歲1ml/次，成人2ml/次，皮下注射後可有局部腫痛及淋巴結腫大，偶可發生發熱、皮疹等全身反應。預防接種後獲得的免疫力通常在最後一次注射後的2～3周發生，一般能維持4～6個月，故預防注射應在流行季節前1個月完成。重點對象是10歲以下兒童和從非流行區進入流行區的人員，接種時應注意不能與傷寒三聯菌苗同時注射，有中樞神經系統疾患和慢性酒精中毒者禁用。
近年來，採用原代地鼠腎細胞培養製備的減毒活疫苗進行免疫，作1∶3和1∶5稀釋後皮下接種0.5ml，次年加強1次0.5ml，血清中和抗體陽轉率為 100%，若1∶50稀釋則中和抗體陽轉率為83.3%，目前接種人數已超過5000萬人，通過對人體擴大觀察結果進一步證明減毒活疫苗接種是安全的，免疫反應也是滿意的，中和抗體陽轉率高，效果好，與日本乙腦減毒活疫苗S-株試驗結果相似。減毒活疫苗中，免疫原性14-2株最好，5-3株次之，滅活疫苗則較差。由於減毒活疫苗的應用費用較昂貴，急需要發展表達包膜蛋白的基因重組疫苗。
最近Konish報道，在豬身上試驗兩種乙腦DNA疫苗，以評價它們的免疫原性，兩種疫苗質粒均包括乙腦病毒的前膜蛋白(preM)的信號肽，前膜蛋白，以及外殼的編碼區域，僅載體質粒有所不同，分別命名為PCJEME和PNJEME，結果發現兩者免疫原性無顯著差別。豬應用100～450mg DNA疫苗二劑(相隔3周)l周後中和抗體和血凝抑制抗體達1∶40～1∶160。並且能維持245天以上，這說明，這兩種DNA疫苗能誘導病毒特異性記憶B細胞較長時間產生抗體存在。
最近Monath報道一種新的減毒活疫苗Chimeri Vax-JE，它是黃熱病毒 17D的包膜蛋白基因為乙腦病毒包膜蛋白基因所取代，即將乙腦病毒SA-14-214疫苗株的preM基因插入黃熱病毒17D的cDNA中，已用於早期臨床實驗，單劑使用即能產生較好的免疫原性。Pan等將含有編碼乙腦病毒包膜蛋白的序列的重組質粒疫苗應用於小鼠，可誘導包膜蛋白特異性抗體的產生，從而產生保護性免疫。其他的疫苗研究，包括裸DNA疫苗、口服疫苗及重組亞單位疫苗尚在實驗階段。
3.動物宿主的管理 豬是乙腦傳播的主要中間宿主，在鄉村及飼養場要做好豬的環境衛生工作，管好家禽，蚊季可用中草藥如青蒿、苦艾、辣蓼等在家禽居住場地煙燻驅蚊，每半月噴滅蚊藥1次，對母豬及家禽有條件者進行疫苗注射，能控制豬感染乙腦病毒，可有效地降低地區乙腦發病率。
