1.腸胃功能減弱，機體抵抗力降低。長期靠蛋白質粉維持機體活力，會降低腸胃功能及機體抵抗力。尤其是正在發育的嬰幼兒及兒童，腸胃正需要鍛鍊的時期，靠捷徑補充營養素是不可取的。
2.加重腎臟負擔，造成腎功能下降，出現蛋白尿。蛋白質需要經肝臟加工轉化為人體自身物質，同時，蛋白質在體內代謝時產生氨、尿素、肌苷等含氮物質，需要經過腎臟排洩。如果攝入過多，增加肝、腎負擔，對人體產生不利影響。特別是患有糖尿病、腎炎、腎功能不全等疾病的病人，其腎臟受損的程度更為嚴重，出現蛋白尿是一個表象。
3.過量攝入蛋白質粉，易引發心腦血管疾病。患有痛風的病人，要避免食用以大豆蛋白為主要成分的蛋白質粉。因為大豆中的嘌呤可以造成體內尿酸增高，促成或加重痛風。
4.易使人肥胖，導致骨質疏鬆。人體多餘的蛋白質在消化吸收後，肝臟會將它們轉變成肝糖原或肌糖原貯存起來;如果肝糖原或肌糖原已經足夠，則轉變成脂肪貯存起來;這樣就會使人肥胖。絕經後婦女過多食用蛋白質會使腎臟排出較多的鈣，使骨質硬化程度降低，引起骨質疏鬆。
