1.膽道感染:肝內膽管結石的形成主要因素就是膽道梗阻和感染,感染的原因與結石的梗阻和膽道的炎性狹狹窄有關。包括重症肝膽管炎、膽源性肝膿腫會和伴隨的感染性併發症;
2.繼發感染:可以導致繼發感染、膽源性胰腺炎或阻塞膽管導致膽汁淤積等後果。同時肝內膽管結石要是長時間的不到有效地治療,就會產生長時間膽道感染和膽汁停留有關的遲發性肝膽管癌,嚴重的甚至會導致死亡;
3.肝功能失常:由於肝膽管系統與肝臟實質細胞有著直接關係,慢性併發症還會導致肝功能失常,急性重症肝膽管炎常伴有很嚴重的肝細胞損害,甚至導致大片的肝細胞壞死,成為良性膽道疾病死亡的主要原因。