肝內膽管結石的產生與人類現代生活習慣以及飲食習慣都是分不開的，也就是說，肝內膽管結石並不會無緣無故砸到你的頭上，而是完全由自己導致的。具體肝內膽管結石的形成原因主要有以下幾點：
1、膽汁淤滯膽汁動力學的改變：由於膽管狹窄膽道梗阻或膽管囊狀擴張，繼之發生膽汁動力學改變渦流、淤滯和細菌感染。遊離膽紅素沉澱，黏液膿性物的參與，形成褐黃色膽泥，進一步加重膽道梗阻，淤滯、感染，促使膽石的形成。
2、膽道感染與肝膽管結石：普遍認為膽道感染，特別是大腸埃希桿菌感染，產生細菌源β-葡萄糖醛酸酶，使結合膽紅素水解為遊離膽紅素。在膽道感染時膽管炎性黏液物質增加凝聚作用增強，加以有鈣離子等金屬離子的參與，形成以膽紅素鈣為主的膽管結石。
3、低蛋白與肝膽管結石：低蛋白高碳水化合物飲食，β-葡萄糖醛酸酶抑制物葡萄糖二酸1-4內酯的含量減少，有利於β-葡萄糖醛酸酶使結合膽紅素水解為遊離膽紅素，不溶於水，容易發生沉澱，是形成結石的基礎。飲食結構與肝膽管結石的形成有關，這在發展中國家肝膽管結石發病率較高，可能是其中的原因之一。
