肝內膽管結石一經確診，不管有無症狀，不管結石數目多少、體積大小以及是否已引起肝臟的病變，都應進行積極的臨床追蹤觀察，有條件的應定期做肝、膽B超檢查和肝功能的生化檢查。這樣可以瞭解結石的位置、性質變化以及肝臟是否出現繼發性病變。由於膽石症是一種慢性病，病情的演變過程很不規則，快慢也很不一致，所以這種臨床觀察應長期不懈地進行。切實做好這一點，對治療方式的選擇和時機的掌握就有了很大的主動權。
肝、膽都是重要的消化器官，其分泌和濃縮後的膽汁是消化液的重要組成部分。人體攝入的脂肪靠膽汁的乳化、分解後才能被吸收利用。患肝內膽道結石症，肝功能的損害、膽道的梗阻，均可致膽汁的分泌、排洩和濃縮過程異常，使膽汁的成分和量出現改變。若此時仍不加節制地進食高脂食物，必然會加快膽管內結石的形成或增大。所以肝內膽管結石患者的食譜應遵循高糖、高蛋白、高維生素、高纖維素、低脂肪的原則，多吃新鮮魚類、雞蛋、瘦肉及新鮮蔬菜、水果等。澱粉類的主食如大米、面等則可不受限制。同時可適當採用利膽去溼的中草藥，以利於肝細胞再生和增加膽汁分泌量，使肝內膽管的小結石和泥沙樣結石引流排洩，減少新結石形成的機會。也可在醫生的指導下，選用中成藥，如複方膽通和舒膽膠囊等。
另外，病人應戒菸、戒酒，避免食用刺激性食物，這點至關重要。臨床上許多結石由“靜”變“動”，都是在飲酒、暴飲暴食和吃了刺激性食物後誘發的，飲食不當往往是導致發病的直接因素。保持良好的精神狀態，避免各種不良心理刺激，培養良好的生活習慣，也是積極的治療措施。臨床上常見的一些肝內膽管結石患者，不用服藥亦能長期正常生活和堅持工作，這與他們科學健康的生活方式不無關係。
