指南推薦的慢乙肝治療目標為，最大限度地長期抑制HBV 複製，減輕肝細胞炎性壞死及肝纖維化，達到延緩和減少肝功能衰竭、肝硬化失代償、肝癌 及其它併發症的發生，從而改善生活質量和延長生存時間。這與2010年版指南基本一致，不過，新指南特別指出，在治療過程中，對於部分適合的患者應儘可能追求慢性乙肝的臨床治癒，即停止治療後持續的病毒學應答，HBsAg消失，並伴有ALT 復常和肝臟組織學的改善。這說明，醫學專家們認可，隨著治療的進步，臨床治癒已經是慢乙肝真實可求的目標，而不再只是不切實際的 “夢想”。
另外，基於治療的目標，新版指南對慢乙肝治療終點給出了非常細緻的、分層次的介紹：
1、理想的終點，HBeAg陽性與HBeAg陰性患者，停藥後獲得持久的HBsAg消失，可伴或不伴HBsAg血清學轉換。
2、滿意的終點，HBeAg陽性患者，停藥後獲得持續的病毒學應答，ALT復常，並伴有HBeAg血清學轉換；HBeAg陰性患者，停藥後獲得持續的病毒學應答和ALT復常。
3、基本的終點，如無法獲得停藥後持續應答，抗病毒治療期間長期維持病毒學應答（HBV DNA 檢測不到）。
近年來發表的幾項大規模的研究結果顯示，與單純病毒轉陰的患者相比，e抗原血清學轉換與表面抗原清除的慢乙肝患者肝硬化、肝癌等不良結局發生率更低。這個層次分明的治療終點的推薦正是反映了這些研究的結果，讓我們對慢乙肝的治療要求更為清晰：為了更好的臨床結果，應追求更高的目標。簡單而言，慢乙肝治療最好是要實現大三陽轉小三陽，並且實現停藥後持續應答，而最理想的是實現表面抗原消失，也就是“摘帽子”。不能實現這些終點的，才退而求其次考慮長期用藥，在長期治療中維持病毒學應答。
