一、治療原則
手術切除是最佳治療手段，切緣要廣，不能僅限於腫瘤局部，但不必進行常規淋巴結清掃。手術後必須長期隨訪，如果腫瘤復發可進行再次手術。必要時可輔助化療、放療。
二、治療方法
(一)開放性手術
對於GISTs的外科治療日前國內外均主張採用單純手術切除，一般無須進行區域淋巴結清掃。一旦發現病灶應儘快手術切除，不能因瘤體小或無明顯症狀就不予處理。手術時應根據腫瘤的性質區別對待，力求按無瘤原則施行徹底切除，防止腫瘤復發或轉移，一般主張良性GISTs沿腫瘤邊緣2~m行胃切除，潛在惡性者沿瘤體邊緣4cm切除，惡性者遠離瘤體5em行胃太部切除，若達不到這一要求則行全胃切除術。術中進行標本冰凍切片檢查，可判斷腫瘤邊緣、排除胃癌，可提示腫瘤是否存在壞死、腫瘤細胞的數量、形態廈大小、核分裂像如何，但要確定良惡性仍很困難。
(二)腹腔鏡手術
胃間質瘤(包括其他胃粘膜下腫瘤)腹腔鏡手術的適應證為：①瘤體直徑<5cm;②超聲內鏡、CT、MRI、血管造影等輔助檢查提示腫瘤邊界請楚、質地比較均勻;③無胃外侵犯和腹腔轉移徵象。目前主張進行個體化治療。注意按無瘤原則施行徹底切除，切下的瘤體應包括完整的包膜，避免和減少胃內容物汙染腹腔，手術後保證胃腸遭通暢。腹腔鏡手術具有創傷小、出血少、恢復快、瘢痕小等優點，且醫療成本較開放性手術小，有條件的醫療單位可以在保證技術質量的前提下推廣施行。
(三)內科治療
化療對GISTs的療效尚不肯定，目前尚未找到一個療效確切的系統化療方案，國外有學者嘗試用以阿黴索為主的化療方案治療胃間質瘤，其有效率僅為7%。STI-571的出現為GISTs的內科治療帶來了希齷，該藥物是一種酪氨酸激酶抑制劑，可通過抑制酪氨酸的磷酸化作用而抑制GISTs細胞系的增殖，並促進細胞凋亡，常見的副作用是誘發輕微消化不良症狀和腹瀉。STI--571是一種有前途的輔助治療藥物，但其長期療效有待進一步觀察。對於直徑較小的粘膜下GISTs，可進行內鏡下摘除，但注意治療前必須進行超聲內鏡檢查，以判斷腫瘤在消化道管壁的層次。
