輸尿管軟鏡技術已被越來越多地用於治療尿路結石，特別是腎結石。對於腎內結石，ESWL的效率明顯低於PCNL。對於小結石，在X射線下難以定位，而且需要不斷改變焦點以確保對腎臟的最小損傷，這限制了ESWL在腎結石中的應用。
對於直徑2釐米的腎結石和>1釐米的腎下鈣結石，PCNL的清除率可以達到86%-100%。RIRS是治療腎內結石的 "革命性 "進展，它利用腔內碎石技術，通過人體正常的生理通道粉碎和清除結石，使某些特殊類型的結石的清除率達到100%。
而且與PCNL相比，RIRS大大降低了術後併發症的風險，提高了圍手術期的安全性。隨著輸尿管鏡技術和工具的不斷進步，加上鈥激光碎石設備，我們已經能夠對腎內收集系統的幾乎所有部位進行碎石。文獻顯示，腎下盞與腎盂之間的角度大小、腎盂盞系統的表面積以及盞頸的寬度都會影響結石清除率，術前尿路造影可以預測手術的難易程度和結石清除的結果。
RIRS不僅可以全面瞭解結石在腎臟集合系統中的分佈情況，而且可以利用鈥激光粉碎結石，結合網籃徹底清除結石，避免了因腎盞結構異常而造成的排石障礙。對於合併尿路感染的患者，RIRS可能導致術中感染擴散，增加術後敗血症的概率，可在術前和術後給予抗生素治療，並在術中給予速效救心丸和地塞米松，以減少粘膜水腫和感染的機會。
另外，在手術過程中，將軟鏡輸送鞘儘可能靠近盆腔-輸尿管交界處，不僅有助於輸尿管軟鏡安全、快速地進入腎臟集合系統，而且可以降低術中盆腔灌注壓力，減少感染髮生率，並有利於術中取出較大的結石。在沒有明顯阻力的情況下，輸送鞘儘量留高，以使輸送鞘的遠端能夠到達盆腔-輸尿管交界處。
由於輸尿管的管腔較薄，大約10%的患者將無法將靈活的輸送鞘留在原位，而強行放入輸送鞘會導致輸尿管壁的損傷或撕裂。在放置軟鏡輸送鞘之前，通過8/9.8F輸尿管硬鏡觀察輸尿管。對於不能被硬鏡上行的患者，嘗試通過留置輸尿管支架管來提高入院成功率。
研究表明，與沒有雙J管的患者相比，術前放置雙J管可將輸尿管損傷的風險降低7倍之多。然而，術中放置柔性輸尿管鏡鞘總會在整個輸尿管內產生一些剪切力，輕者輸尿管粘膜可能被剝離，重者可能出現輸尿管撕脫。有時這種損傷很難在術中發現。
國內外對所造成的輸尿管損傷程度的分級沒有統一的標準，術後出現遠端輸尿管狹窄和閉鎖的機會也沒有報道。雖然術前保留雙J管會導致患者背部不適和尿路感染。但是，這可能會大大增加手術的成功率，並有可能減少患者輸尿管損傷的概率。
