1.抗菌治療
一旦確診為化膿性腦膜炎，儘量用容易進入腦脊液的最大劑量的殺菌劑治療。第一次劑量加倍，從靜脈推入或以快速滴注的方式給予。革蘭氏陰性桿菌腦膜炎的療程應至少為3周，革蘭氏陽性菌腦膜炎的療程應至少為2周。
（1）致病菌尚不明確的腦膜炎：過去常用氨苄青黴素（ampicillin）300mg/（kg-d）加氨基糖苷類藥物。由於後者的有效血藥濃度較接近中毒濃度，且不易進入腦脊液，有耳毒性，因此，氨苄西林（ampicillin）加第三代頭孢菌素，如頭孢他啶200mg/( kg-d)或頭孢曲松（ceftazidime）100mg/( kg-d)，尤其是後者具有廣譜、高效、半衰期長、對革蘭氏陰性桿菌效果好、使用方便等優點。已成為治療嬰幼兒化膿性腦膜炎的常用藥物，但它能與膽紅素競爭白蛋白，有增加核黃疸的危險，在新生兒黃疸中少用。
（2）有明確致病菌的腦膜炎：參考藥敏試驗結合臨床選擇敏感抗生素進行治療。革蘭氏菌首選氨苄西林（ampicillin）或青黴素；葡萄球菌可選擇氨苄西林（neopenicillin II）或萬古黴素；對氨苄西林（ampicillin）耐藥的革蘭氏陰性桿菌可選擇第三代頭孢菌素，如頭孢他啶或頭孢曲松（ceftazidime ）。對銅綠假單胞菌首選頭孢噻肟，其次是頭孢哌酮（先鋒B）；對厭氧菌可選用甲硝唑和青黴素。
（3）腦室炎：實驗表明，致病菌從脈絡叢進入側腦室，然後擴散到蛛網膜下腔。由於腦脊液循環是自上而下的單向流動，鞘內注射藥物不易到達腦室，故不再採用鞘內給藥，可在側腦室放置留置導管注射抗生素。
2.降低顱內壓的治療
如果患兒顱內壓明顯升高，可採用呋塞米每次1mg/kg靜推，或20%甘露醇每次0.5-1g/kg快速靜脈滴注，兩者可交替應用，但不主張多次使用，因為多次使用容易使腦脊液變稠，增加炎症後粘連。
3.使用腎上腺皮質激素
使用抗生素治療化腦時，細菌的大量裂解會刺激機體產生更多的炎症介質，而加用地塞米松治療可以抑制這些炎症介質的產生，從而減輕炎症，降低細菌性腦膜炎的後遺症和發病率、死亡率，所以應及早使用腎上腺皮質激素。一般使用地塞米松，每次0.1-0.2mg/kg，首次用藥最好在開始抗生素治療前15-20min，然後每6-8小時一次，持續2-4天。
4.支持性治療
第一步是維持水和電解質平衡。對於不能進食時的靜脈補液，早期要嚴格控制輸液量（一般可維持在70%），因為本病在發病初期由於抗利尿激素分泌過多造成液體瀦留，常導致稀釋性低鈉血癥，並常伴有腦水腫。輸新鮮血液或血漿：每次輸10ml/kg，可根據病情少量多次應用。血球蛋白：有資料顯示，靜脈輸注人血球蛋白對治療新生兒化膿性腦膜炎有效，推薦劑量為500mg/（kg-d），持續3～5天。靜脈輸注人血球蛋白的不良反應包括皮膚潮紅、噁心、嘔吐、頭痛、氣短和其他過敏反應，這些反應通常在輸液早期發生，與鎮靜速度有關。當明確發現硬膜下積液時，應進行硬膜下穿刺放液，每次不超過15毫升，穿刺無效時可考慮手術治療。
