有些家長不瞭解化膿性腦膜炎，擔心小寶寶的化膿性腦膜炎可能會感染其他孩子；他們把新生兒化膿性腦膜炎與流行性腦脊髓炎和流行性乙型腦炎混淆了。雖然這三種疾病有共同的臨床症狀，但它們是完全不同的疾病。
新生兒化膿性腦膜炎是在出生後頭4周內由化膿性細菌引起的腦膜炎症。首先是新生兒個體本身在分娩時吞嚥或吸入被汙染的羊水而被感染；其次是致病菌在出生後從呼吸道、臍部、受損皮膚和粘膜、消化道和結合膜侵入血液循環，然後到達腦膜。由於新生兒體液免疫和細胞免疫都不完善，整體免疫功能差，容易受到感染，而且由於血腦屏障功能不全，細菌很容易穿過血腦屏障引起顱內感染，因此，化膿性腦膜炎是新生兒中比較常見的感染性疾病之一。
流行性腦脊髓膜炎（簡稱流腦）是由腦膜炎球菌引起的化膿性腦膜炎，是冬春季節常見的急性傳染病之一，傳染源為帶菌者和患者，傳播途徑為呼吸道侵入，主要易感對象為兒童，6～12個月嬰兒為發病高峰。流行性乙型腦炎（B encephalitis）是由乙型腦炎病毒引起的腦炎，本病由蚊子傳播，夏秋兩季發病，多見於兒童和老年人。根據流行病學資料、臨床症狀、血象、腦脊液特徵和血清學檢查，這三種疾病可以得到完整而明確的診斷。流感和乙型腦炎可以通過預防性注射得到很好的預防。
新生兒通過從母親那裡獲得的抗體igg對某些傳染病具有免疫力，因此，到目前為止，在新生兒期還沒有發現流感和乙型腦炎的病例。
