侷限性 GIST， 原則上可直接進行手術切除; 不能切除的侷限性 GIST， 或接近可切除， 但切除風險較大或可能嚴重影響臟器功能者,宜先行術前分子靶向藥物治療,待腫瘤縮小後再行手術。
位於胃的最大徑線≤ 50px的無症狀擬診 GIST， 應根據其超聲內鏡表現確定風險分級; 不良因素為邊界不規整潰瘍強回聲和異質性 如合併不良因素， 應考慮切除; 如無不良因素,可定期複查超聲內鏡 對於位於直腸的 ＜ 50px 的 GIST， 由於惡性程度較高， 且腫瘤一旦增大， 保留肛門功能的手術難度相應增大， 傾向於手術切 除。
對於復發或轉移性GIST， 分為以下幾種情況， 需區別對待： 未經分子靶向藥物治療， 但估計能夠完全切除且手術風險不大， 可以考慮手術切除並聯合藥物治療；分子靶向藥物治療有效，且腫瘤維持穩定的復發或轉移性GIST，估計所有復發轉移病灶均可切除的情況下， 建議考慮手術切除全部病灶；侷限性進展的復發轉移性 GIST， 鑑於分子靶向藥物治療後總體控制滿意，只有單個或少數病灶進展，可以考慮謹慎選擇全身情況良好的患者行手術切除; 術中將進展病灶切除， 並儘可能切除更多的轉移灶， 完成較滿意的減瘤手術；在分子靶向藥物治療過程中仍然廣泛性進展的復發轉移性 GIST， 原則上不考慮手術治療；姑息減瘤手術只限於患者能夠耐受手術並預計手術能改善患者生活質量的情況。
急診手術適應證： 在 GIST 引起完全性腸梗阻消化道穿孔 保守治療無效的消化道大出血以及腫瘤自發破裂引起腹腔大出血時， 須行急診手術。
