白癜風與自身免疫的關係甚受重視，因白癜風患者中20%~30%伴有自家免疫內分泌疾病，如甲狀腺炎、糖尿病、慢性腎上腺皮質功能不足等。常伴有的免疫性疾病還有類風溼性關節炎、紅斑狼瘡、硬皮病、局灶性結腸炎、重症肌無力、惡性貧血、自家免疫性溶血性貧血、異常丙種球蛋白血癥、斑禿、支氣管哮喘、異位皮炎等。也可伴發於免疫系統的惡性腫瘤，有多發性骨髓瘤、何杰金氏病、胸腺瘤、蕈樣黴菌病等。白癜風患者的親屬中，患自身免疫病者有顯著的增多。在自身免疫病病人中，白癜風發生率較一般人群高10~15倍。
白癜風病人可存在免疫球蛋白增高、淋巴細胞轉化試驗、E花環試驗、結核菌素及植物凝集素試驗等，顯示有細胞免疫低下現象。患者血清中抗甲狀腺、抗平滑肌、抗胃壁細胞及抗核抗體等自家抗體的檢出率較正常人群有顯著增高。大部分患者血清中存在抗黑素細胞抗體，而正常人則無此抗體。
