冬瓜子含油14%，其中酰甘油的含量在72%-96%之间，所含主要脂肪酸为亚油酸，油酸，硬脂酸，棕榈酸，以及十八碳二烯酸，十八碳三烯酸等。又含脂类，内有磷脂酰胆碱，磷脂酰已醇胺，磷脂酰丝氨酸，磷脂酰肌醇，神经鞘磷脂，脑苷脂。还含甾醇类化合物：β谷甾醇，菜油甾醇，豆甾醇，24-已基胆甾-7，25-二烯醇，24-已基胆甾，25-三烯醇，24-已基胆甾-7-烯醇，24-已基胆甾-7，22-二烯醇，24α-已基α-胆甾-8，22-二烯醇。又含三萜类化合物;粘霉烯醇，西米杜鹃醇，5，24-葫芦二烯醇。去脂肪后的种子中含蛋白酷活力的组分以及硒、铬等无机元素。
冬瓜子种子含皂甙0.68%、脂肪、尿素、瓜氨酸等。同属植物Benincasa ccrifera种子的脂肪油中含亚油酸62.3%，油酸21.9%，饱和脂肪酸15.6%，种子中并分离出少量腺嘌呤，胡芦巴碱等。
冬瓜子含有丰富的蛋白质，脂肪，脲酶，皂苷B族维生素等。冬瓜子所含脂肪主要为不饱和脂肪酸，其中主要成分也是亚油酸，它可以降低人体血液中的胆固醇和甘油酸脂，有助于防治冠心病。
冬瓜子所含有的植物油中的亚油酸等物质，是润泽皮肤的美容剂。不饱和脂肪酸可以使容颜红润光泽，皮肤细嫩柔润，头发乌黑光亮。
现代营养研究发现，冬瓜子中含有皂甙、脂肪、瓜氨酸、不饱和脂肪酸、油酸等成分，这些成分可以有效地降低血液中脂肪和胆固醇含量，对防治心血管疾病有积极意义。
另外，冬瓜子还可以促进人体的免疫功能。
