一、乙肝E抗原阳性慢性乙肝患者的药物选择初治：
乙肝E抗原阳性患者的理想治疗终点是乙肝表面抗原的血清转换，但这往往难以实现。另一个治疗终点是实现乙肝E抗原血清转换，同时检测不到乙肝病毒DNA和转氨酶逆转，因此应根据这一治疗终点选择药物。
如果可以的话，首选干扰素治疗，如果干扰素治疗有禁忌症、不良反应或负担不起而不能用干扰素治疗，则考虑核苷类似物。核苷类似物对HBV-DNA有较强的抑制作用，所以病毒载量高的患者优先选择病毒抑制作用强的药物，如替比夫定或恩替卡韦。其次，核苷类似物治疗后乙肝E抗原转化率较低，需要较长时间的治疗，而耐药性和长期治疗的安全性是药物选择的重要因素，此外，价格也是考虑因素之一，虽然恩替卡韦具有较高的耐药屏障，但最昂贵的价格限制了其作为首选药物的使用，替比夫定价格适中，具有较高的乙肝E抗原转化率是治疗乙肝E抗原阳性的首选药物。拉米夫定可能是病毒负荷低的乙肝E抗原阳性患者的一个选择。
二、乙肝E抗原阴性慢乙肝初治患者的药物选择：
乙肝E抗原阴性慢乙肝初治患者年龄相对较大，病程较长，病毒载量较低，肝脏组织学病变较重，病变堆积时间长，因此更容易发生肝硬化或肝细胞癌。乙肝E抗原阴性的慢性乙肝患者最基本的治疗目标应该是将HBV-DNA降至检测不到的水平，并使ALT正常化，治疗的终点是乙肝表面抗原的消失，但需要较长的时间，所以临床上实际操作起来比较困难，目前推荐长期维持治疗，所以首先要选择病毒抑制作用强的药物，其次要考虑长期治疗中耐药的发生。高病毒量的乙肝E抗原阴性慢性乙肝患者首选恩替卡韦，低病毒量的乙肝E抗原阴性慢性乙肝患者首选阿德福韦。拉米夫定耐药的发生率很高，而且长期使用会有更高的耐药性；因此，对没有产生完全反应的患者应及时用阿德福韦酯联合治疗，以防止和减少耐药性的产生。
III.乙肝肝硬化和肝癌患者的药物选择：
乙肝肝硬化患者的治疗目标是通过抑制病毒复制来防止病情进一步发展，并防止出现肝功能衰竭和肝癌，这需要长期抗病毒治疗，一旦停药复发，病情急剧恶化的风险更大。一项对拉米夫定在代偿期肝硬化或严重肝纤维化患者中的3年研究证实，拉米夫定能有效地阻止疾病的发展并降低肝细胞癌的发生率，所以拉米夫定是治疗代偿期乙肝肝硬化患者的首选药物之一。
从理论上讲，其他核苷类似物具有相同的病毒抑制作用，并能阻止疾病的发展，其临床疗效与拉米夫定相似，是治疗代偿性肝硬化的首选药物。
拉米夫定是治疗失代偿期肝硬化患者的有效和安全的首选药物。阿德福韦酯在治疗后有较高的肾脏损害率，不建议作为首选。
大多数肝癌患者的HBV-DNA水平较低，任何核苷类似物都能有效抑制病毒，但考虑到患者的病情、经济条件和实际治疗过程，首选拉米夫定，其他药物的临床经验相对较少，一般不作为首选。
IV.核苷类似物耐药患者的药物选择：
拉米夫定耐药患者首选阿德福韦酯联合治疗，不推荐交替使用阿德福韦酯和改用大剂量恩替卡韦治疗。阿德福韦酯耐药患者可改用或联合使用替比夫定、拉米夫定或恩替卡韦。最近的临床研究表明，对核苷类似物耐药的患者改用干扰素治疗可能是一种有效的治疗。
