优先选择干扰素治疗的考虑因素：干扰素是一种持续反应率较高的药物，有抗病毒指征的年轻患者，期望在近几年内生育，期望在短时间内完成治疗，有较强的抗体免疫清除反应（病毒载量低，ALT水平高，肝脏炎症程度高），优先推荐使用干扰素治疗。
优先选择核苷类似物治疗的考虑因素：对干扰素治疗无反应，或不能耐受干扰素的不良反应，或不便或不愿接受注射给药，或代偿能力下降或肝功能失调的患者，优先选择核苷类似物治疗。
选择核苷类似物治疗的考虑因素：抑制病毒复制的强度和耐药率是选择核苷类似物治疗的重要参考指标。对于病毒载量高的患者，可以选择抑制病毒较强的药物，反之，抑制病毒相对较强的药物，研究表明，恩替卡韦和替比夫定对病毒的抑制作用较强，拉米夫定和阿德福韦的抑制作用相对较弱。其次，预防和减少耐药性是选择核苷类似物时需要考虑的重要因素，选择药效强、耐药性低、乙肝E抗原转化率高的药物是预防和减少耐药性的重要措施之一。替比夫定具有快速、强效的病毒抑制作用，乙肝E抗原转化率高，安全性好，价格适中，适合作为乙肝E抗原阳性患者的优先选择，6个月时进行疗效评价，根据治疗反应进一步优化治疗。病毒载量低的患者，尤其是乙肝E抗原阴性的患者，可以用阿德福韦酯治疗，长期治疗中耐药发生率低。
