根据肾上腺囊肿的发病原因及病理改变，可分为真性囊肿、假性囊肿、寄生虫性囊肿、内皮样囊肿。
1.内皮性囊肿：肾上腺囊肿中发病率最高的一类，约占45%，发生于正常或发育不全的血管或淋巴内皮细胞，囊璧为内皮细胞所覆盖，按组织成分有淋巴性和血管性两类，其中淋巴性囊肿多见，血管性囊肿系扩张生成的血管或是错构瘤。显微镜下可观察到囊壁有弹性及肌纤维，囊壁邻近淋巴管或血管扩张。
2.真性囊肿：又称表皮性囊肿，约占肾上腺囊肿的9%。囊肿体积较大，可达20cm。囊肿壁较薄，囊壁衬以腺上皮或内皮细胞。此类囊肿又可分为三种：①胚胎性囊肿：罕见，由胚胎残余组织发育而来，囊壁由肾上腺组织以外的细胞所覆盖，内有纤毛柱状上皮衬附;②皮质腺瘤性囊肿：由于肾上腺皮质腺瘤中心出血坏死，细胞间质液潴留形成囊肿，囊壁为腺瘤组织，形成腺瘤性囊肿或腺瘤性囊性变;③腺性潴留性囊肿：由微小囊肿及腺泡构成。50%以上的早产儿和新生儿可发生此类囊肿，可能与应激反应有关。
3.假性囊肿：临床上较为常见，约占39%。多数囊肿是单发的，双侧或多发性罕见。囊肿多为单房性，囊肿大小不等，小者1cm，大者可达3.5cm。囊壁为纤维组织，可钙化或玻璃样变性，缺乏内皮细胞及上皮细胞。假性囊肿多因肾上腺正常组织出血、血肿或梗阻坏死而形成，如外伤、产伤、出血性疾病、休克、严重感染、中毒、输异型血等。囊内多为血性液，呈棕色、咖啡色或黑色，囊壁多有钙盐沉积。假性囊肿也可继发于肾上腺良、恶性肿瘤，如嗜铬细胞瘤出血后形成的假性囊肿。其他病变有肾上腺髓质增生出血后所形成的假性囊肿，结核性囊肿等。
4.寄生虫性囊肿：约占肾上腺囊肿的7%，主要见于包虫感染，囊肿外壁较厚，可有钙化，囊肿内有子囊、孙囊。
