葉黃素酯是一種重要的類胡蘿蔔素脂肪酸酯,為深紅棕色細小顆粒。主要結構由兩個六元碳環由一個含十八碳原子的共輛雙鍵的長鏈相連接而成,在常溫下,高純度的葉黃素酯(含量60%-95%)呈金黃色酯橙紅色粉末,它易溶於氯仿、二氯甲烷、二氯化碳、等氯代烴,可溶於正已烷、丙酮、乙酸乙酯、乙醇的容積,其穩定性強於葉黃素,只有在高溫、強酸、鐵離子和氧等因素下對葉黃素酯破壞較大。
葉黃素酯大部分存在於自然界中的葉黃素酯可分為反式葉黃素酯和順式葉黃素酯,基本都以全反式分子構型為主。全反式葉黃素酯又可分為:葉黃素單酯和葉黃素二酯。它廣泛存在於萬壽菊花、南瓜、甘藍、首糟等植物體內。其中,在萬壽菊花中含量最為豐富,高達30%至40%。在萬壽菊花和其它植物中,葉黃素一般與脂肪酸(如月桂酸、棕桐酸等)結合成酯的形式存在。