治療原則同三叉神經痛。適用於原發性三叉神經痛的藥物，也都適用於舌咽神經痛。用法和劑量同三叉神經痛。
1.藥物治療
(1)卡馬西平：每次0.1 g，每日2次，無效時可增大劑量，每天增加0.1g，最大量為每天0.9g。無效時換用其他藥物。其副作用為眩暈、嗜睡、噁心、行走不穩等，在服藥數天後可消失。若有皮疹、白細胞減少(到醫院檢驗)則需停藥。
(2)苯妥英鈉：開始用每次0.1 g，每日3次，無效時增加劑量，每日最大量不超過0.6 g，0.1 5～0.3 g作為維持劑量，不宜長期服用。
(3)司替巴脒：0.15 g溶於蒸餾水中，再加5%葡萄糖液至l00 ml，靜脈滴注，每日一次，連續2星期，可使疼痛緩解。
(4)此外，治療三叉神經痛的藥物尚有氯硝兩泮、維生素B12、654-2等藥。
2.針刺治療
第一支痛可選病側魚腰、攢竹;第二支痛選四白、顴髎;第三支痛選下關、頰車、配合選用合谷、風池等穴。
3.局部鎮痛
用丁卡因噴塗於患側的扁桃體及咽部可暫時阻止疼痛發作。另外也可用1%普魯卡因或0.5%利多卡因I-2 ml，經顎咽弓注射於舌咽神經周圍，可使疼痛暫時緩解;或行頸交感神經封閉，亦有一定療效。
4.外周神經阻滯及毀損術
適用於：①藥物治療無效或不能耐受藥物不良反應者;②高齡或全身狀況差，不能耐受開顱手術者;③合併多發性硬化者。
目前最常採用經皮穿刺舌咽神經射頻熱凝術，即用定向穿刺和射頻熱凝技術破壞位於頸靜脈孔處的舌咽神經和迷走神經。本手術在熱凝破壞神經中感覺纖維的同時，常會破壞運動纖維，術後會引起吞嚥困難、飲水嗆咳和聲音嘶啞，聲帶麻痺等併發症。疼痛複發率為23%～54%。
5.手術治療
目前認為，治療舌咽神經痛的最有效方法應為微血管減壓術及舌咽神經根切斷術，在藥物治療不滿意時，可行顱內微血管減壓術及切斷病側的舌咽神經根及迷走神經的最後1～2根。
(1)舌咽神經根顯微血管減壓術：舌咽神經根顯微血管減壓術手術顯微鏡下將位於舌咽、迷走神經根部走行異常、並對舌咽、迷走神經造成壓迫的血管推移開，以Teflon棉隔離固定，使血管不再接觸壓迫舌咽、迷走神經，恢復神經正常功能，使疼痛症狀消失或緩解。隨著該項手術技術的日臻完善，降低了複發率和併發症發生率，尤其是能完全保留舌咽神經功能，曾是神經外科醫師治療舌咽神經痛的旨選治療。
(2)舌咽神經根切斷術：有顱外和顱內手術兩種入路。前者手術方法簡單，但療效不持久，後者可獲得較持久的止痛效果，但需開顱。體位、皮膚切口、骨窗和硬膜切開同三叉神經痛微血管減壓術。只是更靠近基底部，以下以病人坐位為例。
1)顱外手術入路：自乳突尖沿胸鎖乳突肌前緣向下切開約10cm，分離胸鎖乳突肌乳突端附著處，將莖突舌骨肌、二腹肌後腹向前牽開，並將腮腺分離後向上牽開，在顱底頸靜脈孔處顯露第Ⅸ、Ⅹ、Ⅺ腦神經及迷走神經咽支、頸上交感神經節，確認位於迷走神經內側、橫跨頸內動脈、隨莖突嚥肌而行的舌咽神經，將頸內、頸外動脈之間及舌下神經前方走行的舌咽神經切斷。
2)顱內手術入路：自顱後窩入路，在橋小腦角下方顯露舌咽神經和迷走神經根絲，切斷舌咽神經根絲的同時，進一步切斷迷走神經上部的1～2根絲，這有助於提高手術效果。術後立即止痛者達90%，術後複發率不高，極少數術後復發者可行第二次手術。切斷舌咽神經時，少數病人可有血壓增高，切斷迷走神經分支時，有時可發生心臟期前收縮、血壓下降，甚至心臟停搏等反應，手術時應予監測。舌咽神經切斷後有同側1/3味覺喪失，軟顎、扁桃體區及舌根部麻木，輕度軟顎下垂，咽部乾燥不適和短暫性吞嚥困難等，這些損害給病人造成的痛苦不大。
3)經皮穿刺舌咽神經射頻熱凝術：原理是應用定向穿刺和射頻熱凝技術破壞位於頸靜脈孔處的舌咽神經和迷走神經，治療舌咽神經痛。在患側口角外2.5cm 處進針，進針過程中用連續x線透照監測的方法，引導電極針進入頸靜脈孔，繼用0.1-0.3V的脈衝電流刺激以精確定位，待病人在刺激後出現咽痛、耳痛、咳嗽等，說明已命中神經，接通射頻電流，逐漸加溫熱凝。破壞神經。本手術在熱凝破壞神經中感覺纖維的同時，不可避免地會破壞運動纖維，術後會引起聲帶麻痺，故本術不適合於原發性舌咽神經痛，僅適用於已造成聲帶麻痺的頭頸部惡性腫瘤所引起的繼發性舌咽神經痛患者。經皮穿刺舌咽神經射頻熱凝術，應用定向穿刺和射頻熱凝技術破壞位於頸靜脈孔處的舌咽神經和迷走神經。
