根據腎上腺囊腫的發病原因及病理改變，可分為真性囊腫、假性囊腫、寄生蟲性囊腫、內皮樣囊腫。
1.內皮性囊腫：腎上腺囊腫中發病率最高的一類，約佔45%，發生於正常或發育不全的血管或淋巴內皮細胞，囊璧為內皮細胞所覆蓋，按組織成分有淋巴性和血管性兩類，其中淋巴性囊腫多見，血管性囊腫系擴張生成的血管或是錯構瘤。顯微鏡下可觀察到囊壁有彈性及肌纖維，囊壁鄰近淋巴管或血管擴張。
2.真性囊腫：又稱表皮性囊腫，約佔腎上腺囊腫的9%。囊腫體積較大，可達20cm。囊腫壁較薄，囊壁襯以腺上皮或內皮細胞。此類囊腫又可分為三種：①胚胎性囊腫：罕見，由胚胎殘餘組織發育而來，囊壁由腎上腺組織以外的細胞所覆蓋，內有纖毛柱狀上皮襯附;②皮質腺瘤性囊腫：由於腎上腺皮質腺瘤中心出血壞死，細胞間質液瀦留形成囊腫，囊壁為腺瘤組織，形成腺瘤性囊腫或腺瘤性囊性變;③腺性瀦留性囊腫：由微小囊腫及腺泡構成。50%以上的早產兒和新生兒可發生此類囊腫，可能與應激反應有關。
3.假性囊腫：臨床上較為常見，約佔39%。多數囊腫是單發的，雙側或多發性罕見。囊腫多為單房性，囊腫大小不等，小者1cm，大者可達3.5cm。囊壁為纖維組織，可鈣化或玻璃樣變性，缺乏內皮細胞及上皮細胞。假性囊腫多因腎上腺正常組織出血、血腫或梗阻壞死而形成，如外傷、產傷、出血性疾病、休克、嚴重感染、中毒、輸異型血等。囊內多為血性液，呈棕色、咖啡色或黑色，囊壁多有鈣鹽沉積。假性囊腫也可繼發於腎上腺良、惡性腫瘤，如嗜鉻細胞瘤出血後形成的假性囊腫。其他病變有腎上腺髓質增生出血後所形成的假性囊腫，結核性囊腫等。
4.寄生蟲性囊腫：約佔腎上腺囊腫的7%，主要見於包蟲感染，囊腫外壁較厚，可有鈣化，囊腫內有子囊、孫囊。
