系統脫敏法包括三個步驟：學會放鬆、建立焦慮事件層級、實施脫敏。
具體操作步驟如下：
1、 放鬆訓練
放鬆訓練是系統脫敏法的重點之一，是行為療法中使用最廣泛的技術之一，既能單獨使用，也可以結合到系統脫敏中使用，以克服焦慮症狀。目前最常用的是循序漸進緊張放鬆法，把身體某一部位的肌肉先緊張，後放松，兩者結合進行，然後逐一對身體其他部位也施以同樣方法，最後達到全身放鬆。包括環境要求、聲音要求、準備工作、實施步驟、結束。
2、 建立焦慮事件層級
在教會放鬆之後，治療者應與來訪者共同設計焦慮事件層級表。必須全面採集來訪者的病史資料，儘可能完整地找出使來訪者感到焦慮的一系列事件或觀念等。在此基礎上，先確定一個最平靜的相關情境或事件，將它指定表示焦慮程度的分值為0(又稱“主觀干擾程度”，縮寫為SUD)。這一事件稱為控制事件，在焦慮層級表中一般不寫出來。接著確定一個令來訪者最為焦慮的情境或事件，指定分值100分，以這兩個事件為基準分別估計每一事件的焦慮程度值(由治療者指導來訪者完成)。最後，把各焦慮事件按主觀程度由弱到強進行排列，兩個相鄰焦慮事件之間的層級差約10分，建立起“焦慮事件層級表”。
3、 實施脫敏
先從最輕的交流事件開始，然後由弱到強，逐級脫敏，直到最嚴重一級的焦慮事件脫敏成功，這一階段方可結束。它包括想象系統脫敏和現實系統脫敏。
