殘損腦細胞的修復及腦細胞功能重塑代償等機制必須在大腦內環境穩定的狀態下才能發揮高效作用。顱骨的完整性、顱內容物（腦組織、血液、腦脊液）的穩定是維持腦功能內環境穩定的基礎。而顱骨密閉性的變化、腦組織體積的變化、血液供應的增減、腦脊液循環流動的變化都會導致顱內環境的紊亂。其中腦損傷後顱骨缺損、腦積水、顱內積液、腦組織缺失萎縮這些常見的併發症都是影響腦功能康復的阻礙因素。
上述併發症的處理即是顱腦結構性重建的過程，顱腦結構性重建後腦細胞修復功能重建的過程才能實現。這些併發症的評估與處理需要在康復訓練實施前完成，這樣才能保證受損的腦功能最高效、最大化的恢復。做個比喻，顱骨的密閉性好似房間的空調系統、腦血流好似房間的電路系統、腦脊液循環好似房間的上下水系統，只有把上述各系統調控於穩定的工作狀態，這個房間才會是一個有完善功能的房間，生活在房間裡的人腦細胞才能有活力。
