肝內膽管結石與肝臟代謝、膽道炎症及寄生蟲病關係密切，常有發熱、腹痛、黃疸等。典型的B超特徵是沿肝內膽管分佈之強回聲光團伴後方乾淨聲影及遠端小膽管擴張。膽管結石多為膽色素性結石，鈣含量一般較低，CT 見擴張膽管內稍高或高密度結石影，CT值測定多在50～100HU之間，明顯低於以鈣質為主要成分的肝內鈣化灶。但有的膽管結石較小，鈣含量較高，無膽管擴張，則不易與肝內鈣化灶區別，行膽管造影有助於二者鑑別，如肝內膽管內見充盈缺損影，即可確診為肝膽管結石。
肝內鈣化灶是肝實質細胞炎症後形成的"疤",一般無大礙,部分患者可能和肝內膽管結石患者一樣會有肝區悶脹感覺,如確診一般不需治療.肝內有鈣化點可能是肝內膽管壁部分鈣化.它的原因多由於炎症、結核等引起，也可能是肝組織局部壞死後的纖維化瘢痕。隨B超檢查技術在各級醫院的普及和開展，不少健康人群查體時發現肝內有類似結石的強回聲團及聲影，不少人誤認為患了肝內膽管結石,但不引起肝膽管擴張。而結石在阻塞部位以上的小膽管有擴張，而且結石的強回聲團具有沿左右肝管走向分佈的特點。而CT值測定多在100～200HU以上。
