TEM的適應症：最大腫瘤直徑超過1.5釐米的無蒂、寬基良性直腸腺瘤（T0期），特別是絨毛狀腺瘤，最好用TEM治療。TEM特殊器械的設計使該技術能夠切除位於離肛門邊緣5至20釐米之間的任何距離的直腸腫瘤。對於復發風險低的直腸原位癌（Tis期）或T1期直腸癌（例如，腫瘤高度或中度分化，小而活躍），TEM提供了很高的治癒機會。雖然，T1期或更晚期（如T2期或以上）的直腸癌復發風險高，但對於那些手術風險高的患者，如高齡或有嚴重合並症的患者，TEM仍可提供理想的姑息治療。在歐洲，TEM局部切除聯合輔助放療治療pT2期直腸癌的臨床試驗正在進行。TEM的其他適應症：直腸類癌、間質瘤、直腸狹窄甚至直腸陰道瘻。
TEM的禁忌症：如果不是出於姑息性目的，T1期或更晚期（如T2期或更高）的復發風險高的直腸癌禁用TEM。應通過術前全結腸鏡檢查、鋇劑灌腸或多片CT結直腸重建來排除它。TEM是使用腹膜後上方直腸前壁全切除的禁忌症，因為它容易切開進入腹腔。因此，肛門括約肌功能不佳的病人不應進行TEM，以避免術後肛門失禁。
TEM的手術方法：採用全身麻醉（或腔內麻醉），並根據腫瘤的位置選擇合適的手術位置。原則是在直腸鏡插入後，將腫瘤儘量置於視野的右側（如果腫瘤位於膝胸位的3、6、9和12點鐘方向，將分別採用右側位、俯臥位、左側位和膀胱截石位）。直腸鏡將經肛門插入並調整位置，以保持最大速率為6L/min的二氧化碳充氣，直腸腔內的二氧化碳壓力將被自動調整為保持在12-15mmHg之間，以防止結腸過度拉伸。在立體和腔鏡系統下，首先在腫瘤底部注射1:200,000的腎上腺素溶液，以減少出血和提升粘膜。首先用針式電燒器對切除邊界（距腫瘤邊緣約1釐米）進行標記。沿著預先確定的標記線進行精確的切除，確保在適當的邊緣完整地切除腫瘤。對於非癌性絨毛膜腺瘤（T0期），我們傾向於進行粘膜下切除。如果術前活檢提示惡性，但直腸超聲檢查顯示沒有侵犯粘膜下層（Tis或T1期），則用超聲刀進行全切除。確保標本的完整性，並有1釐米的切口邊緣。將切除的腫瘤標本進行外圍間隔，用多個大頭針固定在一小塊聚乙烯泡沫上，用福爾馬林溶液處理後立即送去做病理分期。手術傷口在海綿內縫合：首先在體外用銀夾固定7-10釐米長的單絲可吸收縫線，通過專用直腸鏡送入直腸腔，用專用鑷子和持針鉗從傷口的一端開始進行海綿內縫合。如果傷口較大或難以縫合，可使用多個縫線分階段縫合傷口。
TEM的優越性：TEM為良性直腸腺瘤和早期直腸癌提供了安全和有效的治療。這種微創手術方法結合了內窺鏡、腹腔鏡和顯微手術的優點，併發症發生率較低，術後住院時間較短，並將腸造口的需要降至最低。
