除了外觀醜陋和手腳變粗之外，高水平的生長激素還可導致肢端肥大症患者的其他軟組織、骨骼和內部器官增大。肢端肥大症對心血管系統的影響非常重要，以至於這類疾病被稱為 "肢端肥大症心臟病"，是肢端肥大症患者的主要死因。
肢端肥大症患者的死亡率比正常人高30%，其中心臟病變佔總死亡率的60%。肥大性心臟病見於約20%的無高血壓且病程較短的患者，以及90%的合併高血壓且病程較長的患者。肥厚性心臟病的表現多種多樣：（1）心血管結構性變化，如心肌增厚、心房和心室擴大、主動脈等大血管內徑增寬和心臟瓣膜病變；（2）心臟功能的變化，如舒張功能障礙、心律失常和收縮功能障礙。患者最終會出現心血管病變，導致心功能不全，甚至心力衰竭。
最近的研究表明，肢端肥大症患者心血管系統病變的獨立危險因素是高齡、肥胖和病程長。因此，早期識別疾病，將患者入院時的年齡控制在較小的範圍內並相應縮短病程，以及指導患者保持健康體重，是預防肢端肥大症患者心血管病變的有效方法。
