抗感染治療是肺炎治療的最主要環節。細菌性肺炎的治療包括經驗性治療和針對病原體治療。前者主要根據本地區、本單位的肺炎病原體流行病學資料，選擇可能覆蓋病原體的抗菌藥物;後者則根據呼吸道或肺組織標本的培養和藥物敏感試驗結果，選擇體外試驗敏感的抗菌藥物。此外，還應該根據患者的年齡、有無基礎疾病、是否有誤吸、住普通病房或是重症監護病房、住院時間長短和肺炎的嚴重程度等，選擇抗菌藥物和給藥途徑。
青壯年和無基礎疾病的社區獲得性肺炎患者
常用青黴素類、第一代頭孢菌素等。由於我國肺炎鏈球菌對大環內酯類抗菌藥物耐藥率高，故對該菌所致的肺炎不單獨使用大環內酯類抗菌藥物治療，對耐藥肺炎鏈球菌可使用對呼吸系感染有特效的氟喹諾酮類(莫西沙星、吉米沙星和左氧氟沙星)。
老年、有基礎疾病或需要住院的社區獲得性肺炎
常用氟哇諾酮類、第二、三代頭抱菌素、β-內酰胺類/β-內酰胺酶抑制劑，或厄他培南，可聯合大環內醋類。
醫院獲得性肺炎
常用第二、三代頭孢菌素、β-內酰胺類β-內酰胺酶抑制劑、氟喹諾酮類或碳青黴烯類。
重症肺炎
治療首先應選擇廣譜的強力抗菌藥物，並應足量、聯合用藥。因為初始經驗性治療不足或不合理，或而後根據病原學結果調整抗菌藥物，其病死率均明顯高於初始治療正確者。重症社區獲得性肺炎常用β-內酰胺類聯合大環內醋類或氟喹諾酮類;青黴素過敏者用氟喹諾酮類和氨曲南。醫院獲得性肺炎可用氟喹諾酮類或氨基糖昔類聯合抗假單胞菌的β-內酰胺類、廣譜青黴素/β-內酰胺酶抑制劑、碳青黴烯類的任何一種，必要時可聯合萬古黴素、替考拉寧或利奈唑胺。
肺炎的抗菌藥物治療應儘早進行，一旦懷疑為肺炎即刻給予首劑抗菌藥物。病情穩定後可從靜脈途徑轉為口服治療。肺炎抗菌藥物療程至少5天，大多數患者需要7-10天或更長療程，如體溫正常48-72小時，無肺炎任何一項臨床不穩定徵象可停用抗菌藥物。抗菌藥物治療後48-72小時應對病情進行評價，治療有效表現體溫下降、症狀改善、臨床狀態穩定、白細胞逐漸降低或恢復正常，而X線胸片病灶吸收較遲。
