診斷：在急性膽道感染和腸道炎症病例中，如突然發生膿毒性的寒戰和高熱，並伴有肝臟腫大和肝區疼痛者，應想到有肝膿腫可能。如患者白細胞數明顯增多，X線檢查發現肝臟腫大，或有液平面可見，且右側膈肌活動受限制者，對診斷更有幫助;而B型超聲檢查作為首選的檢查方法，其陽性診斷率可達96%以上。必要時可在B型超聲定位引導下或在肝區壓痛最劇處，進行肝膿腫穿刺，以確定診斷，並可進行膿液培養和藥物敏感試驗，作為以後藥物治療之依據。
實驗室檢查：細菌性肝膿腫絕大多數都有白細胞增高現象，總數可達(15～20)×109/L或更高，中性白細胞多在90%以上，有核左移現象。但在應用抗生素的情況下，白細胞也可不高或增高不明顯。病情較重時，谷丙轉氨酶、鹼性磷酸酶多有升高，甚至血清膽紅素也出現增高。病程較長者，可有貧血或低蛋白血癥。肝膿腫穿刺液培養，常可培養出致病菌。
其他輔助檢查：
1.X線檢查X線檢查可發現肝臟陰影增大，如果膿腫位於右肝葉，可觀察到膈肌抬高、運動受限、肋膈角模糊或胸腔少量積液、右下肺炎症或肺不張等。有時在膿腫部位可出現氣液平面，多提示膿腫由產氣細菌感染所致。肝左葉的膿腫可出現胃賁門和胃小彎受壓現象。膈肌運動受限、肋膈角消失、胸腔少量積液等情況時，還要考慮到有無膈下膿腫存在。
2.超聲波檢查可發現膿腫部位有典型的液性回聲暗區或膿腫內液平面。該檢查除能協助臨床診斷外，還可以幫助瞭解膿腔的部位、大小及距體表的深度，以便確定膿腫的最佳穿刺點和進針方向與深度，或為手術引流提供入路選擇。但超聲對小於1cm的多發性肝膿腫，往往難以發現，臨床診斷時應予注意。從超聲學的角度，還需要與其他囊性病變鑑別。一般情況下，肝囊腫的囊壁整齊清晰，囊內密度均勻一致。而肝膿腫的腔壁不規則，界限不清楚，腔內常含有多個回聲區。
3.CT檢查CT檢查可發現膿腫的大小及形態，顯示膿腫在肝臟中的確切部位，為臨床醫師行膿腫穿刺及手術引流提供清晰、直觀的影像資料。主要表現為肝內出現低密度區，CT值略高於肝囊腫，邊界多數不太清晰，有時低密度區內可出現塊狀影。注射造影劑後其外圍增強明顯，邊界更加清楚。增強掃描的典型表現是膿腫壁的環狀增強(靶徵)，出現“靶”徵強力提示膿腫已形成。
4.MRI檢查肝膿腫早期因水腫存在，故在MRI檢查時具有長T1和T2弛豫時間特點。在T1權重像上表現為邊界不清的低信號強度區，而在T2權重像上信號強度增高。當膿腫形成後，則膿腫在T1權重像上為低強度信號區;膿腫壁系炎症肉芽結締組織，其信號強度也較低，但稍高於膿腫部;膿腫壁周圍的炎症水腫肝組織形成稍低於膿腫壁環狀信號強度灶。在T2權重像上，膿腫和水腫的組織信號強度增高明顯，在其間存在稍低信號強度的環狀膿腫壁。
5.實驗性肝穿刺超聲檢查，確定膿腫的大小、部位以及距局部皮膚的最近距離，選擇最佳穿刺點。細菌性肝膿腫與阿米巴肝膿腫兩者的膿液完全不同，由於感染細菌的種類各異，膿液可呈黃色、白色、黃白色、黃綠色等。抽到膿液後，應立即送細菌培養以及厭氧菌培養，並進行藥物敏感試驗。同時還應將膿液做塗片染色，以大概瞭解是何種細菌，便於在培養出致病菌之前，早日予以治療。
