上呼吸道、口腔的感染灶必須加以根治。口腔手術時，應將分泌物儘量吸出。昏迷或全身麻醉患者，應加強護理，預防肺部感染。早期和徹底治療是根治肺膿腫的關鍵。
治療原則為抗炎和引流。
1.抗生素治療急性肺膿腫的感染細菌包括絕大多數的厭氧菌都對青黴素敏感，療效較佳，故最常用。劑量根據病情，一般急性肺膿腫經青黴素治療均可獲痊癒。脆性類桿菌對青黴素不敏感，可用林可黴素肌內注射;病情嚴重者可用靜脈滴注。或氯林可黴素口服。或甲硝唑口服。嗜肺軍團桿菌所致的肺膿腫，紅黴素治療有良效。在全身用藥的基礎上，加用局部治療，如環甲膜穿刺、鼻導管氣管內或纖維支氣管鏡滴藥，常用青黴素，滴藥後按膿腫部位採取適當體位，靜臥1小時。
血源性肺膿腫為膿毒血癥的併發症，應按膿毒血癥治療。
2.痰液引流祛痰藥口服，可使痰液易咳出。痰濃稠者，可用氣道溼化如蒸氣吸入、超聲霧化吸入等以利痰液的引流。患者一般情況較好，發熱不高者，體位引流可助膿液的排出。使膿腫部位處於高位，在患部輕拍，有明顯痰液阻塞徵象，可經纖維支氣管鏡沖洗並吸引。
3.外科治療支氣管阻塞疑為支氣管癌者;慢性肺膿腫經內科治療3個月，膿腔仍不縮小，感染不能控制;或併發支氣管擴張、膿胸、支氣管胸膜瘻;大咯血有危及生命之虞時，需作外科治療。
