Barker等人於1985年首次將磁刺激引入中樞神經系統，將運動誘發電位從難以忍受的經顱電刺激時代帶入無痛無創的經顱磁刺激時代，使之真正在臨床上得到常規應用，為眾多神經系統疾病的診斷和預後評估提供了不可或缺的神經生理學方法。經顱磁刺激運動誘發電位是目前評估中樞運動神經系統的唯一可行的神經生理學工具。它主要被用來輔助診斷涉及運動功能的神經系統疾病（如運動神經元病、多發性硬化症）和預測結果（缺血性腦血管病等）。
1989年，重複經顱磁刺激（rTMS）問世，其應用被擴展到各種神經精神疾病的治療。1993年，重複經顱磁刺激治療抑鬱症的第一個病例報告；1994年，重複經顱磁刺激治療帕金森病的第一篇文章；此後，又有許多相應的研究。1993年出現了第一份重複經顱磁刺激治療抑鬱症的病例報告；1994年發表了第一篇重複經顱磁刺激治療帕金森病的文章；此後，研究領域擴大到缺血性腦血管病、認知功能障礙（痴呆）、焦慮、強迫症、偏頭痛，甚至難治性癲癇，以及失語症、吞嚥困難和耳鳴。
