檸檬酸為食用酸類，可增強體內正常代謝，適當的劑量對人體無害。在某些食品中加入檸檬酸後口感好，並可促進食慾，在我國允許果醬、飲料、罐頭和糖果中使用檸檬酸。雖然檸檬酸對人體無直接危害，但它可以促進體內鈣的排洩和沉積，如長期食用含檸檬酸的食品，有可能導致低鈣血癥，並且會增加患十二指腸癌的幾率。兒童表現有神經系統不穩定、易興奮、植物神經紊亂;大人則為手足抽搐、肌肉痙攣，感覺異常，瘙癢及消化道症狀等。
基於檸檬酸對鈣的代謝可產生的影響，經常食用罐頭、飲料、果醬、酸味糖果的人們，特別是孩子，要注意補鈣，多喝生奶、魚頭、魚骨湯、吃些小蝦皮等，以免導致血鈣不足而影響健康，胃潰瘍、胃酸過多、齲齒和糖尿病患者不宜經常食用檸檬酸。檸檬酸不能加在純奶裡， 否則會引起純奶凝固。乳製品行業常把檸檬酸配成10%左右的溶液加入低濃度的牛奶溶液中，加入時應快速的攪拌。
檸檬酸具刺激作用。在工業使用中，接觸者可能引起溼疹。
燃爆危險： 檸檬酸可燃。粉體與空氣可形成爆炸性混合物，遇明火、高熱或與氧化劑接觸，有引起燃燒爆炸的危險。
