1) 食品加工前的休整可能直接帶來礦物質的損失:如水果蔬菜在加工過程中往往要去皮處理,有些蔬菜還要進行去葉處理等。由於靠近皮的部分,外層葉片和所有的綠葉往往正是植物礦物質含量最多的地方,這些處理可能會導致富含礦物質的部分被廢棄損失;
2) 穀物的精緻加工:與維生素一樣,礦物質主要存在於穀物的外層,研磨精緻的的過程中會造成很大損失;
3) 溶水損失是加工中礦物質損失的重要原因:動植物組織的汁液的流失都是使礦物質損失的因素。清洗、泡發、以及熱燙等處理也帶來了損失的機會。例如,海帶原本是碘的豐富來源,由於烹調前要進行長時間的浸泡,導致碘元素損失大。還有對蔬菜進行的漂燙處理,使大量的鉀溶到水中造成浪費;
4) 食品的不當烹調使礦物質生物利用率降低:如含有草酸的食物不經過焯水就與含鈣豐富的食品烹調,會造成鈣部分無法被人體吸收等。