一、乙肝E抗原陽性慢性乙肝患者的藥物選擇初治：
乙肝E抗原陽性患者的理想治療終點是乙肝表面抗原的血清轉換，但這往往難以實現。另一個治療終點是實現乙肝E抗原血清轉換，同時檢測不到乙肝病毒DNA和轉氨酶逆轉，因此應根據這一治療終點選擇藥物。
如果可以的話，首選干擾素治療，如果幹擾素治療有禁忌症、不良反應或負擔不起而不能用干擾素治療，則考慮核苷類似物。核苷類似物對HBV-DNA有較強的抑制作用，所以病毒載量高的患者優先選擇病毒抑制作用強的藥物，如替比夫定或恩替卡韋。其次，核苷類似物治療後乙肝E抗原轉化率較低，需要較長時間的治療，而耐藥性和長期治療的安全性是藥物選擇的重要因素，此外，價格也是考慮因素之一，雖然恩替卡韋具有較高的耐藥屏障，但最昂貴的價格限制了其作為首選藥物的使用，替比夫定價格適中，具有較高的乙肝E抗原轉化率是治療乙肝E抗原陽性的首選藥物。拉米夫定可能是病毒負荷低的乙肝E抗原陽性患者的一個選擇。
二、乙肝E抗原陰性慢乙肝初治患者的藥物選擇：
乙肝E抗原陰性慢乙肝初治患者年齡相對較大，病程較長，病毒載量較低，肝臟組織學病變較重，病變堆積時間長，因此更容易發生肝硬化或肝細胞癌。乙肝E抗原陰性的慢性乙肝患者最基本的治療目標應該是將HBV-DNA降至檢測不到的水平，並使ALT正常化，治療的終點是乙肝表面抗原的消失，但需要較長的時間，所以臨床上實際操作起來比較困難，目前推薦長期維持治療，所以首先要選擇病毒抑制作用強的藥物，其次要考慮長期治療中耐藥的發生。高病毒量的乙肝E抗原陰性慢性乙肝患者首選恩替卡韋，低病毒量的乙肝E抗原陰性慢性乙肝患者首選阿德福韋。拉米夫定耐藥的發生率很高，而且長期使用會有更高的耐藥性；因此，對沒有產生完全反應的患者應及時用阿德福韋酯聯合治療，以防止和減少耐藥性的產生。
III.乙肝肝硬化和肝癌患者的藥物選擇：
乙肝肝硬化患者的治療目標是通過抑制病毒複製來防止病情進一步發展，並防止出現肝功能衰竭和肝癌，這需要長期抗病毒治療，一旦停藥復發，病情急劇惡化的風險更大。一項對拉米夫定在代償期肝硬化或嚴重肝纖維化患者中的3年研究證實，拉米夫定能有效地阻止疾病的發展並降低肝細胞癌的發生率，所以拉米夫定是治療代償期乙肝肝硬化患者的首選藥物之一。
從理論上講，其他核苷類似物具有相同的病毒抑制作用，並能阻止疾病的發展，其臨床療效與拉米夫定相似，是治療代償性肝硬化的首選藥物。
拉米夫定是治療失代償期肝硬化患者的有效和安全的首選藥物。阿德福韋酯在治療後有較高的腎臟損害率，不建議作為首選。
大多數肝癌患者的HBV-DNA水平較低，任何核苷類似物都能有效抑制病毒，但考慮到患者的病情、經濟條件和實際治療過程，首選拉米夫定，其他藥物的臨床經驗相對較少，一般不作為首選。
IV.核苷類似物耐藥患者的藥物選擇：
拉米夫定耐藥患者首選阿德福韋酯聯合治療，不推薦交替使用阿德福韋酯和改用大劑量恩替卡韋治療。阿德福韋酯耐藥患者可改用或聯合使用替比夫定、拉米夫定或恩替卡韋。最近的臨床研究表明，對核苷類似物耐藥的患者改用干擾素治療可能是一種有效的治療。
