優先選擇干擾素治療的考慮因素：干擾素是一種持續反應率較高的藥物，有抗病毒指徵的年輕患者，期望在近幾年內生育，期望在短時間內完成治療，有較強的抗體免疫清除反應（病毒載量低，ALT水平高，肝臟炎症程度高），優先推薦使用干擾素治療。
優先選擇核苷類似物治療的考慮因素：對干擾素治療無反應，或不能耐受干擾素的不良反應，或不便或不願接受注射給藥，或代償能力下降或肝功能失調的患者，優先選擇核苷類似物治療。
選擇核苷類似物治療的考慮因素：抑制病毒複製的強度和耐藥率是選擇核苷類似物治療的重要參考指標。對於病毒載量高的患者，可以選擇抑制病毒較強的藥物，反之，抑制病毒相對較強的藥物，研究表明，恩替卡韋和替比夫定對病毒的抑制作用較強，拉米夫定和阿德福韋的抑制作用相對較弱。其次，預防和減少耐藥性是選擇核苷類似物時需要考慮的重要因素，選擇藥效強、耐藥性低、乙肝E抗原轉化率高的藥物是預防和減少耐藥性的重要措施之一。替比夫定具有快速、強效的病毒抑制作用，乙肝E抗原轉化率高，安全性好，價格適中，適合作為乙肝E抗原陽性患者的優先選擇，6個月時進行療效評價，根據治療反應進一步優化治療。病毒載量低的患者，尤其是乙肝E抗原陰性的患者，可以用阿德福韋酯治療，長期治療中耐藥發生率低。
