有證據表明，鋰鹽、丙戊酸鈉、卡馬西平和帕羅西汀有導致胎兒畸形的風險，因此在懷孕的前3個月應避免使用。鋰鹽最主要的問題是心血管畸形的風險，發生率約為1.2%-7.7%，其中三尖瓣發育不全（Ebstein Anamoly）最為嚴重，儘管其絕對風險率很低（1/1000）。
神經管發育缺陷的風險主要與丙戊酸鈉和卡馬西平有關，尤其是丙戊酸鈉，其發生率可高達6%。拉莫三嗪相對安全，但最近的數據表明，它可能與兔唇/顎裂有關。關於非典型抗精神病藥物的信息很少，所有這些藥物都被FDA歸為C類（即不能排除風險）。
目前所有的抗抑鬱藥的風險評估也被列為C類（帕羅西汀和安非他酮除外）；帕羅西汀在懷孕期間應避免使用，因為它可能與新生兒心血管畸形有關，而安非他酮則被列為B類（目前沒有證據表明對人類有風險），因此如果懷孕期間需要使用抗抑鬱藥，可以優先使用。同時，在懷孕的前10周要避免使用苯二氮卓類藥物（因為有引起兔唇/顎裂的風險）。
如果在懷孕的前3個月發生情感障礙的復發，如果可能的話，使用非藥物的社會心理治療。如果疾病復發的風險大於治療藥物的致畸風險，可考慮採用改良電休克療法（MECT）或藥物治療來控制情緒發作。懷孕不同階段的治療方案的選擇需要根據藥物的潛在不良反應來決定，例如，對於懷孕前三個月的急性躁狂發作，適合使用C類非典型抗精神病藥物；而對於雙相抑鬱症發作，適合使用MECT或喹硫平。
儘管可以考慮使用其他抗抑鬱藥，如安非他酮或SSRIs（帕羅西汀除外），但需要聯合使用非典型抗精神病藥以降低一過性躁狂的風險。由於懷孕會增加孕婦的體液比，藥物維持者在妊娠中期和晚期需要增加劑量，以保證穩態血藥濃度和療效，但在分娩前幾天需要減少劑量以避免毒性反應。
必須告知患者，在中晚期妊娠期使用精神藥物可能會增加胎兒死亡、胎兒生長遲緩和新生兒中毒的風險。此外，有報告表明，在懷孕期間使用丙戊酸鈉可能與兒童的語言智商發展較低有關。
