糞瘻的治療為手術修補，修補效果比尿瘻佳。其損傷後自愈的機會也比尿瘻多。新鮮創傷(如手術或外傷)應立即進行修補。陳舊性糞瘻，如為部位較高的直腸陰道瘻，則按尿瘻修補的原則方法及手術要求，分離瘻孔的周邊組織，使陰道壁與直腸粘膜分離，先縫直腸壁(不透粘膜)，後縫合陰道壁。如直腸陰道壁近於肛門，則首先從正中剪開肛門與瘻孔之間的陰道直腸隔，使成會陰三度裂傷，再行修補。
如糞瘻與尿瘻兩者並存，宜同時修補。如糞瘻較大，或瘢痕組織較多，估計手術困難者可先作腹壁結腸造瘻及尿瘻修補，待尿瘻癒合後，間隔4周，再進行糞瘻修補，成功後再使造瘻之結腸復位。此種情況雖較少，在方法、步驟上須結合具體情況慎重考慮。
糞瘻的術前準備及術後處理，對糞瘻修補的癒合關係較大。
術前3～5天開始進無渣半流質，並給予滅滴靈0.2g，每日3～4次;共服3～4天，慶大黴素8萬U，肌注，1日2次，用3～4天，或術前日服新黴素1g，或每日口服鏈黴素1g，3～4天，以減少腸道感染機會。術前一日服番瀉葉15g(衝飲)，或術前晚清潔洗肛，並沖洗陰道。
術後繼續給予無渣半流質飲食並控制排便3～5天，可給予5%鴉片酊5ml，每日3次;繼給滅滴靈等預防感染，促進傷口癒合。自術後第4日起每晚服液體石蠟30～40ml，或每日服番瀉葉15g，使糞便變稀或軟化易於排出(排便次數過多時可停服)。此外，術後還應保持外陰清潔。
